Il est élu au comité exécutif de la Confédération des syndicats nationaux (CSN), d’abord comme secrétaire général en 1961, puis comme président de 1965 à 1976.
Il participe notamment à la syndicalisation de la fonction publique québécoise et aux premières négociations du secteur public. Il sera l’un des architectes du premier front commun intersyndical du secteur public en 1972. Il sera emprisonné avec les présidents des deux autres centrales syndicales québécoises pour outrage au tribunal en lien avec son implication lors de cette négociation.
À titre de président de la CSN, Pepin est l’auteur d’une série de rapports moraux qui vont imprimer une orientation de plus en plus radicale à la centrale. Plusieurs des idées développées alors, comme le Deuxième front, ont toujours court dans la centrale.
Pepin présidera la Confédération mondiale du travail de 1973 à 1981. C’est le premier Québécois à diriger une organisation syndicale internationale.
En 1968, Marcel Pepin, alors président de la Confédération des syndicats nationaux (CSN), travaille à la publication d’un texte phare de l’histoire de la CSN, le deuxième front. Ce document est adopté par le congrès de la CSN en et marquera l’action syndicale de la centrale syndicale pour les années à venir[1].
Le deuxième front vise à dépasser le cadre de la négociation des conventions collectives pour s’intéresser à la vie des travailleurs et travailleuses à l’extérieur du milieu de travail. Cela implique d’œuvrer pour des changements sociaux qui touchent les salarié-es dans leur vie de citoyen et citoyenne (logement, alimentation, inflation, etc.), que ce soit au niveau municipal, provincial ou fédéral[2].
Inspirée par l’adoption de ce document en congrès, la CSN formera des comités d’action politiques dans les villes et régions et dans les milieux de travail. À Montréal, cela mènera à la formation du Front d'action politique (FRAP), un parti politique municipal actif de 1969 à 1973.
« C’est la population laborieuse elle-même qui doit s’imposer dans l’histoire et bâtir la société qu’elle veut. »[3]
« Il ne suffit pas d’avoir raison, encore faut-il avoir la force d’avoir raison. »[4],[5]
« J’estime que l’existence des syndicats s’avère nécessaire pour le bon fonctionnement d’une société démocratique. Les syndicats sont des contre-pouvoirs dans notre société (pas le seul contre-pouvoir, mais le plus important). Faire disparaître les syndicats, cela conduit à l’établissement d’une société de plus en plus autoritaire, tout sera décidé unilatéralement par l’employeur ou encore par le gouvernement, utilisant lois et décrets. »[6]
Marcel Pepin, Prenons notre pouvoir : Rapport du président de la CSN, Marcel Pépin, 47e congrès, Québec, 27 juin 1976, Montréal, CSN, , 119 p.
Marcel Pepin, Vivre à notre goût : Rapport moral du président général de la CSN, Montréal, CSN, , 191 p.
Marcel Pepin, Pour vaincre : Rapport moral du Président général de la CSN au 45e congrès : Québec, le 11 juin 1972, Montréal, CSN, , 137 p.
Marcel Pepin, Lettre du président général, Marcel Pepin, aux militants de la CSN, Montréal, , 95 p.
Marcel Pepin, Une société bâtie pour l'homme : rapport moral du président de la CSN au congrès 1966 ; Le deuxième front : rapport moral du président de la CSN au congrès 1968, Montréal, CSN, , 2e éd., 206 p.
Marcel Pepin, Un camp de la liberté : rapport moral du président général de la Confédération des syndicats nationaux Marcel Pepin au congrès général le 6 décembre 1970, , 121 p.
Marcel Pepin, Positions, Montréal, CSN, , 181 p.
Marcel Pepin, Le deuxième front : Rapport moral... au congrès de la CSN, le 13 octobre 1968, Montréal, CSN, , 70 p.
Marcel Pepin, Une Société bâtie pour l'homme : Rapport moral du président général de la Confédération des syndicats nationaux, , 72 p.
Ouvrages
Gilles Grondin, Marcel Pepin, l’homme du contre-pouvoir (mémoire de maîtrise), Montréal, Université de Montréal, , 268 p. (lire en ligne)
Robert Comeau et Yves Bélanger, La CSN. 75 ans d'action syndicale et sociale. Actes du 10e colloque sur les leaders contemporains tenu à l'UQÀM du 21 au 23 mars 1997, Montréal, Presses de l'Université du Québec, , 339 p.
Louis Favreau et Pierre L’Heureux, Le projet de société de la CSN de 1966 à aujourd’hui, Montréal, Centre de formation populaire-vie ouvrière, , 269 p.
Michel Rioux, « Marcel Pepin: La fidélité, l'affaire de toute une vie », Labour / Le Travail, vol. 48, , p. 13-18 (lire en ligne)
Ralph Peter Guntzel, « The Confédération des syndicats nationaux (CSN), the Idea of Independence, and the Sovereigntist Movement, 1960-1980 », Labour / Le Travail, vol. 31, , p. 145-174 (lire en ligne)
André Beaucage, « Marcel Pepin, Le nécessaire combat syndical », Recherches sociographiques, vol. 30, no 1, , p. 140-141 (ISSN0034-1282, lire en ligne)
Autres
Pierre Duceppe, Marcel Pepin... Liberté et dignité, Montréal, Productions virage, 2001, 47 minutes.