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Johann Michael Haydn est né en 1737 dans le village de Rohrau sur la Leitha en Basse-Autriche, près de la frontière hongroise. Son père Mathias Haydn était charron et sa mère Maria, née Keller, cuisinière au palais du comte von Harrach.
Le , il épouse la chanteuse Maria Magdalena Lipp (1745–1827) avec qui il eut une fille, Aloisia Josefa, morte en bas âge.
Maria Magdalena tint le rôle de la Miséricorde dans la cantate Die Schuldigkeit des ersten Gebots, puis celui de Tamiri dans Il re pastore, deux œuvres de jeunesse de Wolfgang Amadeus Mozart. En effet, grand admirateur des frères Haydn, ses aînés de vingt ans, Mozart a beaucoup étudié leurs compositions et s'en est inspiré à maintes reprises[réf. nécessaire]. Mozart a demandé à son père, qui jalousait Michael Haydn[réf. nécessaire], de lui envoyer les nouvelles compositions de son collègue de Salzbourg, spécialement tout ce qui relevait du contrepoint et de l'orgue.
À sa mort, l'archevêque de Salzbourg fit des obsèques solennelles au cadet des Haydn.
Œuvres
Ses œuvres comportent plus de huit cents compositions, essentiellement religieuses. Dans ce total distinguons les 150 compositions instrumentales, dont 41 symphonies. C’était un homme timide et réservé qui fuyait les éloges du public, ce qui explique en partie pourquoi il a pu tomber dans un relatif oubli. Cependant, ses contemporains parlaient de lui comme d’un artiste qui, particulièrement pour la musique sacrée, pouvait être situé au tout premier rang.
On relèvera notamment son superbe et solennel Requiem de 1771 chanté avec orchestre à Salzbourg, tandis que parmi le public se trouvaient Mozart père et fils. Il est indubitable que le Requiem de Mozart, composé en 1791, s'inspire par sa texture orchestrale, ses harmonies, ses équilibres architecturaux, aussi bien du Requiem de Michael Haydn créé vingt ans plus tôt que de celui d'Antonio Rosetti (daté de 1776).
Les symphonies de Michael Haydn ont été classées et numérotées dans différents catalogues. Le catalogue Perger datant de 1907, de la musique instrumentale de Michael Haydn, utilise des nombres de 1 à 52. Le catalogue de Sherman de 1982 liste 41 symphonies authentiques plus quatre qui ont été attribuées à tort à Haydn. Le catalogue Sherman & Donley de 1993 ne fait aucune référence à la numérotation antérieure de Sherman et comprend quelques symphonies éventuellement antérieures à celle étiquetée nº 1 par Sherman.
Cependant, la numérotation de Sherman de 1982, avec quelques retouches, a été généralement utilisée par les labels de disques. Ces retouches découlent des éléments suivants :
a) de nouvelles données suggèrent des datations légèrement différentes, affectant les symphonies appartenant aux groupes suivants : {4, 5, 6, 7, 8, 9, 10}, {16, 17} et {22, 23}
b) la découverte de quatre symphonies que l'on pense avoir été écrites en 1758, peut-être après l'œuvre identifiée comme Symphonie nº 1 par Sherman en 1982, mais certainement avant la Symphonie en ut majeur de 1761, - qui est identifiée sous le nº 2 dans les deux catalogue de Perger et de Sherman de 1982. Ces quatre symphonies portent donc le numéro 1 suivi de la lettre A, B, C ou D.
Les numéros MH font référence au catalogue Sherman de 1993.
Plusieurs des symphonies de Michael ont d'abord été attribuées à son frère Joseph Haydn. Quelques autres symphonies ont été attribuées à Mozart.