Il devient ainsi coprésident de la Cecar de 1993 à 1997, puis président de Marsh & Mclennan France de 1997 à 2000 et parallèlement président de Gault-Millau, dont il détenait la société d'édition Damefa, de 1998 à 2000. Il occupe en outre à cette époque divers postes d'administrateurs dans des grandes entreprises françaises, dont RMC et Havas Advertising.[réf. nécessaire]
En 2000, sur la recommandation du ministre des Affaires étrangères de l'époque, Hubert Vedrine, le président Jacques Chirac le rappelle à la diplomatie[réf. nécessaire]. Il est nommé ambassadeur de France au Mexique. En reconnaissance de son travail auprès des autorités mexicaines[réf. nécessaire], il fut choisi en 2004 pour devenir ambassadeur de France au Maroc, poste qu'il occupe jusqu'en 2006.
Le , il est nommé secrétaire général du ministère des Affaires étrangères en remplacement de Jean-Pierre Lafon. À ce titre, il devient administrateur du groupe nucléaire Areva et du groupe d'électricité EDF[1],[2]. Le nouveau président de la République Nicolas Sarkozy l'éloigne ensuite pour avoir émis des critiques à son encontre quand il était ambassadeur de France au Maroc[3]. Toutefois, en reconnaissance de ses compétences, il est nommé ambassadeur de France au Japon en remplacement de Gildas Le Lidec, le .
C’est à ce poste qu’en , Philippe Faure doit faire face à la plus grande crise traversée par le Japon depuis la Seconde Guerre mondiale : le plus puissant séisme de l’histoire du Japon provoquant un tsunami dévastateur, lequel entraine l’explosion de deux réacteurs dans la centrale nucléaire de Fukushima Daiichi[4]. Ces évènements d’une ampleur sans précédent au Japon ont semé un vent de panique dans la communauté française. L’Ambassade de France a géré les inquiétudes de la communauté d’affaires, l’arrivée d’un détachement de la Sécurité Civile et assurera les départs volontaires de Français appartenant à l'administration ou aux grands groupes industriels. Le , Philippe Faure reçoit à Tokyo le Président Nicolas Sarkozy venu présenter le soutien de la France au gouvernement et au peuple japonais[5]. Durant les mois qui suivent, il assure la consolidation de l’aide française au Japon sinistré[réf. nécessaire]. Pour le , qu’il choisit d’organiser à Koriyama dans la région sinistrée, Philippe Faure accueille en compagnie du Ministre de la Culture Frédéric Mitterrand plusieurs centaines de réfugiés[6].
Le , après 28 ans au service de l’État, Philippe Faure met fin à sa carrière de diplomate[7]. Il rejoint le secteur privé et crée une société de conseil aux entreprises étrangères[réf. souhaitée]. Le , en reconnaissance des services rendus, il est élevé au titre honorifique d'ambassadeur de France par le président François Hollande[8]. En , afin d'appuyer sa stratégie de diplomatie économique[9], le ministre des Affaires étrangères, Laurent Fabius, nomme Philippe Faure représentant spécial pour le Mexique[10].
À nouveau appelé au Quai d’Orsay en , par Laurent Fabius, ministre des Affaires étrangères et du Développement international, Philippe Faure, ambassadeur de France, s’y occupe désormais de promouvoir le tourisme en France. Le , il est officiellement nommé[11] président délégué du Conseil de promotion du tourisme et désigné personnalité qualifiée auprès du groupement d'intérêt économique « Atout France, agence de développement touristique de la France ». Philippe Faure et le Conseil qu’il préside ont pour mission de s'attaquer à six thématiques en relation avec le tourisme (gastronomie et œnologie ; destinations et marques ; numérique ; hôtellerie, tourisme d’affaire et de shopping ; accueil, média, communication ; formation) dans l’objectif de rénover et d'accroître l’offre dans ce secteur stratégique de l’économie française[12]. Au mois de , il est nommé président d'Atout France[13].
À l'occasion de l'élection présidentielle de 2017, il fait partie des 60 diplomates qui apportent leur soutien à Emmanuel Macron[14].