Philippe appartient à la maison d'Henneberg(de), précisément à la lignée de Henneberg-Aschach-Römhild.
Ses parents sont Georges d'Henneberg-Aschach-Römhild et Jeanne de Nassau-Sarrebruck. Il a pour frère Berthold, archevêque de Mayence.
Philippe d'Henneberg doit supporter pendant son règne une épreuve de force avec le chapitre de la cathédrale. Le conflit porte sur le pouvoir du chapitre dans le gouvernement. L'influence du chapitre est affaiblie et permet une position forte du prince-évêque et ses successeurs.
Pendant l'épiscopat de Philippe d'Henneberg, les ailes sud-est et est du Alte Hofhaltung sont bâtis.
Il apporte des améliorations considérables de 1476 à 1479 au château de Veldenstein(de) et construit l'extérieur du château et des remparts. Il fait de ce château la résidence épiscopale. Il améliore aussi la forteresse de Rosenberg(de) à Kronach.
En 1478, il prononce l'expulsion des Juifs de l'évêché.