JD n'est désormais plus interne. Mais il est contraint de partager le poste de chef des internes avec Elliot dont il vient de briser le cœur (épisode 2). Les deux médecins redeviennent finalement amis (épisode 3). Elliot rencontre ensuite un certain Jack (épisode 23). Quant à JD, après avoir appris la mort de son père (épisode 6), il couche avec Molly Clock, une psychiatre (épisode 8) puis avec Nina Brodrick, une avocate qui fait un procès à Turk (épisode 10). Il sort ensuite avec Keily, une serveuse (épisodes 16-19).
Turk et Carla connaissent une période difficile dans leur couple (épisodes 19-23). Les choses ne s'arrangent pas quand JD et Carla s'embrassent (épisode 21).
Dans le dernier épisode, alors qu'Elliot quitte l'hôpital et que Turk et Carla décident d'avoir un enfant, JD déménage.
Turk et Carla sont rentrés de leur lune de miel. Les débuts du couple paraissent idéaux. Mais c’est surtout l’arrivée de la nouvelle psychologue de l’hôpital, Molly Clock (Heather Graham), et la fin de l’internat de J.D. et Elliot qui font la une des potins.
Rien ne s'arrange entre J.D. et Elliot. Cette dernière ne suit plus que les conseils du Docteur Clock ce qui énerve Carla. Cox va nommer le chef d'internat mais il hésite entre J.D. et Elliot. Turk et Cox sont en plein conflit ce qui intéresse grandement Molly.
Cox et Jordan apprennent qu'ils ne sont pas divorcés à cause d'une erreur administrative. J.D. profite amplement de son nouveau salaire. Le concierge s'occupe en faisant croire à tous que J.D. porte le titre de co-chef interne. Cox est très irrité par le Docteur Clock. Turk ne réussit pas à sauver une patiente de J.D. qui doute alors de son meilleur ami.
Après un discours pessimiste du Docteur Cox, J.D. s’interroge et redoute de tuer un de ses patients. Carla essaye de se faire pardonner d’avoir maltraité « Rowdy ». Elliot doit traiter un malade héroïnomane et se tourne vers Molly pour obtenir son appui.
Elliot se demande si elle a véritablement trouvé son mentor en la personne du Dr Clock, la psychologue. Turk et Carla ont des soucis au niveau de l'heure du coucher tandis que JD tente de gagner le respect de ses internes.
J.D. a la surprise de voir arriver son frère Dan avec un gâteau, ce qui dans la famille est annonciateur d'une mauvaise nouvelle. Effectivement, leur père vient de mourir. Turk découvre qu'il souffre de diabète.
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Cet épisode est un hommage à John Ritter, qui avait joué le rôle de Sam Dorian, le père de J.D. et Dan, dans les épisodes Mon vieux (1x19) et Mon jour de chance (2x09). L'acteur est mort le .
J.D. découvre la relation entre Elliot et son frère Dan, qui en profite pour rester chez son frère. À l'hôpital, la bonne humeur et l'optimisme de Molly irritent les Drs Cox et Kelso.
Molly et J.D. sont sur le point de conclure, mais ils doivent d'abord obtenir l'autorisation d'Elliot, qui en profite pour se venger doucement de J.D. Le Dr Cox est lui coincé dans une ambulance à faire des heures de terrain avec une ambulancière extrêmement bavarde.
J.D. et le Dr Cox se retrouvent face à une avocate spécialiste des erreurs médicales, Neena Broderick, qui vient pour son père. Turk est quant à lui harcelé par Harvey Corman, un hypocondriaque. Elliot tente d'orienter Doug, son collègue interne tellement maladroit qu'il en tue tous ses patients, vers une nouvelle carrière.
J.D. est coincé : maintenant qu'il est devenu l'amant de Neena malgré lui, il ne peut choisir entre elle et son ami Turk, qui est poursuivi en justice par Corman sur conseil de Neena. La seule personne capable de l'aider est Jordan. Elliot découvre qu'à cause de son nom à consonance masculine, beaucoup de patients ne croient pas qu'elle est médecin mais l'assistante d'un homme médecin, confusion qu'elle va réussir à tourner à son avantage.
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Le combat entre l'avocate (interprétée par Julianna Margulies) et Jordan (Christa Miller Lawrence) est une référence à la dernière scène du premier volume de Kill Bill.
J.D. sympathise avec un homme qui retrouve son père biologique, mais refuse de lui donner un rein. Carla et Jordan prennent en main Elliot et lui apprennent à user de ses charmes pour arriver à ses fins, ce qui entraine des désagréments que Turk avait prévus.
J.D. est désigné pour assurer une formation à des étudiants en médecine, mais préfère parler de ses meilleurs souvenirs de médecin. Il répand l'idée parmi le personnel, qui commence à se souvenir eux aussi de leurs meilleurs moments. Toute l'équipe se retrouve à devoir soigner un homme sans assurance, accompagné de son fils de 10 ans. J.D. cherche à tout prix à le sauver après leur avoir promis de pouvoir passer Noël ensemble. Elliot se retrouve chargée de s'occuper du garçon de dix ans, alors qu'elle a peur des enfants. Le Dr Cox cherche encore à tenir J.D. par la main en suivant tout ce qu'il fait, mais doit se mettre à l'idée qu'il est un bon médecin capable de se débrouiller seul. Carla tient à ce que les médecins suivent ses conseils, ce qui semble peine perdue. Turk est confronté à l'idée que ses opérations peuvent être suivies par les familles, ce qui le déroute. Le Dr Kelso tient à ce que l'homme soit transféré une fois stabilisé (car il lui manquait une assurance), mais se lie d'amitié avec le garçon de 10 ans et finit par faire jouer ses relations pour ne pas avoir à faire payer le malade.
À la fin, l'équipe entière se rappelle ce cas comme leur meilleur souvenir de médecine, remplaçant ainsi leurs souvenirs précédents.
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Au fil de l'épisode, chacun se rappelle ses meilleurs souvenirs de médecins.
J.D. se rappelle avoir fait accoucher une femme devant l’hôpital, et avoir couché avec sa mère (donc la grand-mère du nouveau-né) juste après.
Turk se rappelle avoir obtenu le temps record en appendicectomie
Elliot se rappelle avoir soigné un patient qui s'occupait d'un élevage de poney, et d'être arrivée à l’hôpital à dos de poney.
Cox se rappelle avoir sauvé un homme d'un étouffement, et d'avoir marqué un panier avec le Chewing-Gum qui lui sortait de la gorge
Kelso se rappelle avoir été aux Bahamas avec deux jeunes femmes et d'avoir refusé de soigner un homme qui s'était écroulé.
Carla se rappelle que, pour la première fois de sa vie, un médecin a écouté un conseil et l'a remercié
Todd se rappelle avoir « High Five » un homme décédé sur la table d’opération, ce qui le réanima.
J.D. réalise qu'Elliot est devenue une meilleure médecin que lui, et ceci le dérange. Turk tente de se faire de l'argent en jouant sur sa maladie mais quand il apprend qu'il doit amputer un homme du pied parce qu'il souffre aussi de diabète, il redevient bien moins léger. Le Concierge prend conscience que les sentiments qu'il a pour Elliot ne sont absolument pas réciproques, et par des quiproquos, il se retrouve à former un groupe de chanteurs a cappella.
Un homme va chambouler la routine du service de médecine interne : impliqué dans une bagarre de comptoir, il a envoyé au tapis son adversaire, mais tient à rester auprès de lui jusqu'à son réveil, et en attendant, il explique sa façon de vivre au jour le jour à tous. Le Dr Cox refuse d'expliquer ses quelques jours d'absence : il a subi une vasectomie sans le dire à Jordan.
J.D. est attirée par une barmaid, Kylie, mais apprend que son petit-ami a une IST, fait qu'il doit garder pour lui en raison de la confidentialité patient/médecin. Le Dr Cox assure son service alors qu'il n'a qu'une envie : regarder le match de basket entre les Lakers et le Heat. Il se réserve le visionnement de l'enregistrement pour plus tard, mais beaucoup d'autres membres de l'hôpital ont vu le match et connaissent le résultat.
Pendant un rendez-vous avec Kylie, J.D. doit tout de même passer à l'hôpital, mais quand un patient semble montrer certains symptômes du SRAS, toute l'unité est condamnée, coinçant donc J.D. avec les autres personnes présentes, Kylie, Elliot mais aussi Danni. J.D. compte tout de même impressionner Kylie durant la nuit.
Le Dr Cox est furieux que le Dr Kelso ait encore renvoyé un membre du personnel et est persuadé de pouvoir arranger le budget sans avoir à licencier à nouveau ; le Dr Kelso laisse Cox relever le défi. Pendant ce temps, un auteur de sitcom est admis comme patient, et J.D. commence à se rêver dans une sitcom légère. De leurs côtés, Turk et Carla cherchent à "égaler" le couple J.D./Kylie en s'embrassant 3 fois par jour à heures fixes, mais tout ne se passera pas comme prévu...
La relation de J.D. et Kylie connait quelques problèmes. Turk et Carla souhaitent que J.D. quitte l'appartement, mais rapidement, son absence se fait sentir. Le Dr Cox reçoit la visite d'un ami d'université avec qui il est en compétition perpétuelle, cependant le médecin repère des signes inquiétants chez le fils de son ami.
Molly revient pour une visite à l'hôpital du Sacré-Cœur, et J.D. n'hésite pas à délaisser sa petite amie Kylie pour la revoir. Carla essaie de garder son calme quand elle apprend que Turk a gardé le contact avec une ex-petite amie. Le concierge et le Dr Cox font un pari : si le manutentionnaire parvient à décrocher un rendez-vous avec Elliot, il remporte la Porsche du médecin, sinon c'est le médecin qui gagne son van.
Épisode 20 : Mon patron veut se faire coiffer à l'œil
Carla et Turk ont quelques difficulté dans leur vie de couple, et reçoivent pour cela l'aide de J.D. et Elliot. À l'hôptial, le Dr Cox confie par défi certains de ses patients au Dr Kelso pour lui montrer qu'il a perdu la main.
J.D. et Carla rentrent d'une soirée où J.D tentait de réconcilier ses amis, mais dans l'ivresse du moment, ils se sont embrassés. Ils se mettent d'accord le lendemain pour garder le secret. À l'hôpital, Elliot et le Dr Kelso ont du mal à rester sérieux devant leur nouveau patient, un jeune homme qui a abusé du Viagra. Le Dr Cox est face à un choix : être un père hyperprotecteur ou au contraire très détendu.
Turk finit par apprendre que J.D. et Carla se sont embrassés, et refuse de leur parler jusqu'à ce qu'il sache qui blâmer. Le Dr Cox appelle Elliot pour l'aider à discuter avec un patient épileptique qui refuse son traitement. Jordan s'essaie au Botox mais l'expérience tourne mal car son visage est totalement figé. Le Concierge a un nouvel uniforme bleu clair, une couleur qui lui va bien mais le rend plus sympathique malgré lui.
J.D. se réconcilie avec la nature humaine quand une vieille dame mourante est amenée à bout de bras par son voisin, qui séduit rapidement Elliot. Celui-ci se montrera d'une grande prévenance pour elle, la convainquant même de se laisser mourir quand plus rien n'est possible pour elle, mais le frère de la vieille dame compte le poursuivre en justice pour son geste.
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Jim Hanks et Phill Lewis incarnent respectivement les docteurs Turner et Hooch. Il s'agit d'un clin d’œil au film Turner et Hooch (1989) dans lequel joue Tom Hanks, le frère de Jim Hanks.
Tandis qu'Elliot éprouve des sentiments partagés quant à sa relation avec Jake, le docteur Cox apprend à Turk comment soigner son ego. Le Dr Kelso a une nouvelle arme pour terroriser le personnel : un fauteuil roulant électrique.
J.D. s'apprête à emménager seul, pour la première fois depuis qu'il a rencontré Turk. Elliot envisage elle aussi de partir pour un poste dans une clinique privée. Le Dr Cox, quant à lui, essaie de se rapprocher de Jordan en lui suggérant d'accepter un poste dans l'hôpital.
