Son père, Allen E. Haynes, était un importateur de cosmétique et sa mère, Sherry Lynne (née Semler), étudiait le théâtre (et a même fait une brève apparition dans I'm Not There). Haynes est juif du côté de sa mère[1],[2].
Sa sœur, Gwynneth Haynes, fait partie du groupe Sophe Lux[3].
En 1987, il réalise Superstar: The Karen Carpenter Story. Ce moyen-métrage sur la vie de Karen Carpenter, chanteuse du groupe The Carpenters, est réalisé avec des poupées Barbie.
Il revient au cinéma en 2015 avec Carol, une adaptation d'un roman de Patricia Highsmith qui sera nommé pour six Oscars. S'ensuit la réalisation de Wonderstruck, adapté du roman de Brian Selznick et sélectionné à Cannes, un film s'adressant à un public plus jeune que ses métrages précédents.