A fachada construíuse no cambio de século, cando a confraría puido comprar e demoler un bloque de casas que impedían o desenvolvemento e visión do frontis. Para a construción do edificio, a Confraría de Ánimas enviou varios proxectos á Academia de Belas Artes de San Fernando, para ser sometidos á censura do arquitecto Ventura Rodríguez. O plano elixido foi o de Ferro Caaveiro.
O templo posúe unha tipoloxía de planta rectangular, con nave única, tres capelas laterais a cada lado e presbiterio con capela maior rectangular, máis estreita que a nave. Para as cubertas empregáronse bóvedas de canón nas capelas laterais e unha grandiosa bóveda de canón con lunetos, sostida sobre arcos faixóns, na nave da igrexa.
O presbiterio tamén se cobre con bóveda de canón, empregando como elemento de engarce coa nave un vistoso arco triunfal cóncavo, moi propio da arquitectura do clasicismo barroco español de época de Carlos III. Este tipo de arco atópase, en exemplo, na capela do Palacio Real de Madrid.
Programa iconográfico
En canto ao concepto de altar e á formulación do programa iconográfico desenvolvido no seu conxunto, hai que dicir, que responde á advocación do Santo Cristo da Misericordia, á relixiosidade da confraría e ao cerimonial específico do Via Crucis, celebrado cada domingo pola tarde na Capela Xeral de Ánimas. Ideou este programa o arquitecto académico Melchor de Prado Mariño, co apoio dos confrades máis formados. A súa realización, entre 1803-1814, materializouse nunha serie de emotivos e catequizadores relevos en estuco veneciano policromado, modelados polo seu irmán Manuel de Prado Mariño, escultor de formación académica, tamén compostelán, que demostrou nesta empresa grandes calidades de escenógrafo.
Con esta concepción, ligada á dos Via Crucis ou, máis ben, á escenografíafranciscana das capelas dos Sacromontes europeos, rompe cos altares galegos de tradición barroca, presididos por retablos de madeira policromada.
Os relevos das Ánimas desenvolven en relato evanxélico da Paixón do Señor, concentrando nun espazo único o itinerario devocional, místico e catequizante do Via Crucis dun Sacromonte. Nas capelas laterais e altar maior do templo despréganse as escenas da Flagelación, o Ecce Homo, o Camiño ao Calvario, o Alzamento na Cruz, a Crucifixión (altar maior), o Descendemento da Cruz, a Lamentación sobre Cristo morto, o Santo Enterro e a Resurrección do Señor.
Cotorreando así, se les hizo llevadero el camino a las dos comadres. Llegaron a Compostela a tiempo que las campanas de la catedral y de numerosas iglesias tocaban a misa, y entraron a oírla en las Ánimas, templo muy favorito de los aldeanos, y por tanto, muy gargajoso, sucio y maloliente. De allí, atravesando la plaza llamada del Pan, inundada de vendedoras de molletes y cacharros, atestada de labriegos y de caballerías, se metieron bajo los soportales, sustentados por columnas de bizantinos capiteles, y llegaron a la temerosa madriguera de don Custodio.[1]