הפליגה נפתחת בשכפול הדנ"א של התא, המתגלם לרוב בכרומוזום מעגלי יחיד. בתחילת תהליך השכפול נקשרים מספר חלבוני מפתח לאזור מקור השכפול וגורמים להפרדה מקומית בין גדילי הדנ"א המרכיבים את הסליל הכפול. פתיחה זו של הסליל יוצרת בועת שכפול (Replication bubble), המכילה שני מזלגות שכפול – אחד לכל כיוון (המזלגות קיבלו את שמם מצורת ה-Y שלהם). תהליך השכפול מתקדם בשני כיוונים, כאשר המזלגות הולכים ומתרחקים ממקור השכפול ובועת השכפול הולכת וגדלה, עד להשלמת שני עותקים של הכרומוזום המעגלי המקורי.
עם השלמת השכפול, נעגן כל אחד מסלילי הדנ"א לקרום התא, לעיתים בסיוע מזוזומים. התארכות התא מביאה להפרדת הכרומוזומים. חלוקת התא מבוקרת על ידי כתריסר סוגי חלבונים המתאספים לעבר מבנה פולימרי טבעתי הנקרא טבעת חיץ (septal ring) בתווך בין הכרומוזומים. חלבונים אלה מנחים את יצירת המחיצה בין התאים.[1] השכפול מסתיים בחלוקת הציטופלזמה.
פגמים תורשתיים
פליגה היא תהליך אל-זוויגי – המידע התורשתי של הצאצאים אמור להיות זהה לזה של תא המוצא. מוטציות מופיעות במידע התורשתי של הצאצאים הודות לשגיאות בתהליך השכפול. ככלל, שיעור המוטציות בתהליך שכפול הדנ"א החיידקי הוא גבוה מזה של יצורים רב תאיים. תכונה זו מסייעת לחיידקים להסתגל לסביבות מחיה שונות אליהן הם מתפשטים, כמו גם לפתח עמידות לאנטיביוטיקה. רבייה אל-מינית מאפשרת גידול אוכלוסין בקצב מעריכי. חיידקי קולי למשל מתחלקים כל כעשרים דקות בסביבת מחיה מיטבית, כלומר מכפילים את גודל המושבה.
