בשנת 1972, כאשר מונה יצחק מרדכי למפקד הגדוד, מונה ארד לסגנו. זמן קצר טרם פרוץ מלחמת יום הכיפורים (אוקטובר 1973) סיים ארד את תפקידו כסמג"ד ויצא לקורס פו"ם[3]. במהלך המלחמה קיבל את הפיקוד על כוח עצמאי[4], שכונה ברשת הקשר כוח שמוליק, ומנה שתי פלוגות צנחנים – האחת מגדוד 202, בפיקוד רפי צוקר, והשנייה פלוגה ו' מגדוד 890 בפיקודו של דני גונן[5]. הכוח לחם תחת פיקוד חטיבה 14, בפיקוד אל"ם (לימים אלוף) אמנון רשף, בקרב על פתיחת ציר "טרטור" וחילץ את לוחמי השריון הפצועים מן המארב המצרי בצומת הצירים "לקסיקון" ו-"טרטור"[6]. כמו כן פיקד ארד על הכוח בקרב החווה הסינית, וכן צלח את התעלה במסגרת חטיבה 14 (באוגדה 143, אוגדתו של אריאל שרון) ולחם הן בקרב מתחם אורחה[7][8] והן בטיהור החיץ החקלאי[9]. לאחר המלחמה, בשנת 1974, הועלה ארד לדרגת סא"ל וקיבל את הפיקוד על גדוד הצנחנים 202 ("צפע"), ושימש בתפקיד זה גם במהלך מבצע יונתן (יולי 1976)[10], שם פיקד על כוח מן הגדוד שתפקידו לכבוש את בית הנתיבות החדש. לאחר-מכן מונה לקצין האג"ם במפקדת קצין חי"ר וצנחנים ראשי, בו שימש במהלך מבצע ליטני (מרץ 1978).
בשנת 1980 הועלה ארד לדרגת אל"ם ומונה לפקד על חטיבת כרמלי. ב-1981 קיבל את הפיקוד על בית הספר לקצינים של צה"ל (בה"ד 1)[11], ופיקד עליו עד 1982[12]. במבצע שלום הגליל (יוני 1982) היה ארד מפקדה של חטיבת בה"ד 1 שלחמה בגזרה המזרחית נגד צבא סוריה וארגוני המחבלים והשתתפה בקרבות לכיבוש ביירות. בשלהי המבצע (ספטמבר 1982) מונה ארד למפקד חטיבת הצנחנים. ב-1984, עם סיום תפקידו כמח"ט הצנחנים, עבר ארד הסבה לשריון, הועלה לדרגת תא"ל וקיבל את הפיקוד על אוגדת צנחנים ("עוצבת האש"). בנובמבר 1985 מונה לקצין חי"ר וצנחנים ראשי (קחצ"ר)[13]. במסגרת תפקיד זה היה ארד אחראי על היחידות המיוחדות של צה"ל, ופיתח את תורת הלחימה נגד טרור במקביל לפרוץ האינתיפאדה הראשונה (דצמבר 1987). ב-1989 קיבל ארד את הפיקוד על אוגדה משוריינת, וב-1991 מונה לראש חטיבת המבצעים במטכ"ל. בשנת 1992, נכח ארד, מתוקף תפקידו כרח"ט מבצעים, תרגיל מודל למבצע שיח אטד, התנקשות בנשיא עיראק, סדאם חוסיין, באמצעות טיל תמוז[14]. במהלך תרגיל מודל למבצע, התרחשה תאונה קטלנית בתוצאותיה, כאשר אחד ממשתתפי התרגיל שיגר טיל לעבר מבנה מאויש; הטילים היו אמורים להיות משוגרים רק בחלק השני וה"רטוב" של התרגיל, בו המבנה תוכנן להיות ריק. מפגיעת הטילים נהרגו חמישה חיילים ונפצעו חמישה נוספים. ארד מיהר למקום האירוע, עזר במתן עזרה ראשונה לפצועים ובארגון הפינוי לבתי החולים[15].
באוגוסט 1994 הועלה ארד לדרגת אלוף, ומונה למפקד פיקוד העורף. הוא שימש בתפקיד זה עד ספטמבר 1997, אז פרש מצה"ל לאחר 32 שנות שירות.
עם פרישתו מצה"ל מונה ארד למנכ"ל התאחדות הקבלנים והבונים בישראל בע"מ, ושימש בתפקיד זה במהלך השנים 1997–2001. במקביל, שימש חבר דירקטוריון באל על, רפא"ל ובנק הפועלים. כמו כן היה חבר בוועדת המינויים העליונה של ממשלת ישראל למינויים בכירים, ויו"ר עמותת הצנחנים. ב-2003 התמודד ארד בבחירות לראשות עיריית חיפה מטעם מפלגות הליכוד ועם אחד, אולם הפסיד למועמד מפלגת שינוי ורשימת הירוקים המקומית יונה יהב (שפרש לצורך ההתמודדות ממפלגת העבודה). הוא היה חבר מועצת העירייה וראש ועדת הכספים. ביום שבת, ה-22 בנובמבר 2003, נפטר שמואל ארד בביתו, מדום לב. הוא השאיר אחריו אישה, שלומית, ושלושה ילדים. על שמו של האלוף שמואל ארד נקרא גשר במחלף חיפה דרום, המחבר בין כביש 2 לכניסה המערבית של מנהרות הכרמל.
^פליאה קטנר ועדי חכמון, חמישים לשמונה מאות תשעים, במחנה, 20.06.2003, שמואל ארד: "סיימתי את שירותי כסמג"ד 890 כחודש לפני מלחמת יום הכיפורים, ויצאתי ללימודים בפו"ם. ברגע ששמעתי על פרוץ המלחמה עזבתי את פו"ם והגעתי למפקד הגדוד בבית- ליד. היה לי ברור שאני לא עוזב את המשפחה שלי, גדוד 890, בשעת מלחמה".
