אף כי הדבר לא הוכח חד-משמעית, ייתכן שדניאל אלקומיסי היה הדמות המרכזית באיחוד כל הסיעות שהתנגדו לתורה שבעל פה לכדי תנועה קראית אחת. רק החל מזמנו אין עדויות על קבוצות קראיות נפרדות על שם מייסד האסכולה (לדוגמה ה"ענניים", תלמידי ענן בן דוד הנשיא, וה"בנימיניים", תלמידי בנימין אלנהאונדי), אלא כולם נקראים בשם "קראים".
דניאל אלקומיסי ניצל את כיבוש ארץ ישראל בידי השליט המצריאחמד אבן טולון בשנת 878 כדי להגר לארץ ישראל. בעקבות כיבוש זה הפסיקה ארץ ישראל להיות חלק מהח'ליפות העבאסית שמרכזה היה בבגדאד שבעיראק. בעקבות ניתוקה של ארץ ישראל מהמרכז השלטוני בבגדאד, נותק גם הקשר בין המרכז של היהדות הרבנית שבבבל לבין ארץ ישראל, ופחתה השפעתה בארץ. כמו כן הותרה ליהודים העלייה לארץ ישראל בצורה חופשית הרבה יותר. דניאל אלקומיסי עלה לירושלים והיה לאחד הקראים המפורסמים ביותר, הרבה בזכות קריאתו לעלות לארץ ישראל. על השינוי במעמד הקראים שחל בעקבות שינוי השלטון לשלטון שלא תמך ברבנים כותב דניאל אלקומיסי:
מתחלת גלות היו רבניו שרים ושופטים... ולא יכלו דורשי תורה לפתוח פיהם במצוות ה' מפחד רבניו... עד בוא מלכות ישמעאל כי הם עוזרים תמיד לקראין לשמור בתורת משה ועלינו לברך אותם
בארץ ישראל, ובמיוחד בירושלים, נהגו הקראים לפי העקרונות של אבלי ציון, שדניאל אלקומיסי היה למנהיגם - הם התנזרו מתענוגות העולם, לא אכלו בשר ולא שתו יין, הרבו במנהגי אבלות ובחרו לגור קרוב ככל האפשר לירושלים ולקיים בה את מצוות התורה, לפי פרשנותם, בחומרה רבה.
משנתו
דניאל אלקומיסי הפיץ בין התפוצות "קול קורא" לעלייה לירושלים. בקריאתו קרא לשקם את ירושלים ולהופכה למרכז רוחני שיביא לגאולת העם כולו. מתוך קריאתו:
שמעו אל ה', קומו ובואו אל ירושלים ונשובה אל ה', ואם לא תבואו, כי אתם הומים ואצים אחר סחורותיכם, שלחו מכל עיר חמישה אנשים ומחייתם עמם למען נהיה לאגודה אחת, ולהתחנן אל אלוהינו תמיד על הרי ירושלים
הוא לא הסתפק בעלייה של בודדים לארץ אלא קרא לקיבוץ גלויות מלא:
עתה עליכם, כל דורשי ה', ללכת לפני רבים כעתודים לפני הצאן
אלקומיסי התנגד לגישה הרבנית לפיה אין לעלות לארץ עד לביאת המשיח. הוא טען שצריך לעלות לירושלים עוד לפני הגאולה, להתחנן שם לסליחה מאלוהים, להתאבל על החורבן, ולחיות חיי סגפנות:
הלא זה מנהג כל העולם, אם יקצוף אדם על אדם - הלא יבוא הנקצף אל הקוצף להתחנן לו... ואף כי יקצף היוצר אלוהי העולם על הייצור, היכשר לו שיאכל וישתה עד שישוב אליו?!? ... ודע כי הנבלים אשר בישראל מדברים זה בזה 'אין עלינו לבוא לירושלים עד שיקבצנו כאשר השליכנו'. וזה דבר המכעיסים והאוולים, כי לולא גזר ה' עלינו מצווה לבוא אל ירושלים מן המדינות במיספד ובתמרורים - הלא כי בתבונתנו נדע כי על הנקצפים לבוא אל שער הקוצף להתחנן לו ... לבוא אל ירושלים ולעמוד בתוכה לפני תמיד באבל ובצום ובכי ומספד ושק ותמרורים יומם ולילה
אלקומיסי הוקיע את מה שראה כהתנשאות של הפקידים הרבניים, המנצלים את העם מבחינה חומרית וחיים חיי עושר. הסברו לאורכה של הגלות היה שהתורה הכתובה נזנחה, ובמקומה בחרו הרבניים בתורה שבעל פה שמונעת את הגאולה.
בתחום פרשנות המקרא היה אלקומיסי מבין המחמירים שבפרשנים, והתנגד למתינות. הוא שאף בכל מאודו לעשות את רצון האל והאמין שבהחמרה הוא יגיע לרצון האל. לעיתים רבות התנגד לדעותיו של ענן בן דוד הנשיא, וחלק עליו בנושאים רבים.
בעבודתו הפרשנית השתמש בהיגיון צרוף והקפיד לפרש את המקרא לפי הלשון וההקשר. יחד עם המחמירות שדגל בה, הסכים אלקומיסי לקבל כל מסקנה פרשנית המבוססת על המקרא ועל ההיגיון. יעקב הקירקיסאני מספר שכאשר השתנתה דרך מחשבתו בעניין מסוים, הודיע על כך לתלמידיו מיד, וביקש מהם להכניס את השינויים בכתבי היד של עבודותיו שהיו ברשותם.
מפורסמת מאוד אמרתו: ”כל הנשען על אחד ממלמדי הגלות, בלי לחקור היטב בחכמתו, הוא כעובד עבודה נכריה”. אמרה זו מציינת את דבקותו של אלקומיסי בעקרון הקראי של פרוש עצמי של התורה, נשיאה באחריות לו, והתנגדות להסתמכות על בני אדם בדרך להגעה לרצון האל.
יצירותיו
את רוב חיבוריו כתב בעברית וסגנונו בהיר וצח במיוחד. רוב חיבוריו אבדו והשתמרו מהם רק חלקים. מבין חיבוריו שידועים לנו:
פירוש לתנ"ך.
ספר ביאור מצוות.
ספר מיוחד לדיני ירושה.
חיבורים ודרשות - מהם ידוע במיוחד "פתרון שנים עשר", אשר הוצא לאור על ידי חברת "מקיצי נרדמים".
