Trónra lépése után megkezdte a forradalmi Franciaország ellen a már apja által tervezett fegyveres intervenciót. Mint a haladás és felvilágosodás ellensége, erős rendőri uralmat és besúgórendszert épített ki, uralmát ferenci, vagy kabineti abszolutizmusnak nevezték, megkülönböztetve az I. Lipót-féle feudális, és a Mária Terézia – II. József-féle felvilágosult abszolutizmustól.[1]1795-ben felszámolta a magyar jakobinus mozgalmat és a vezetőket kivégeztette. 1804-ben megalapította az örökletes osztrák császári címet, és I. Ferenc néven Ausztria császára lett. A Franciaország ellen viselt háborúban elszenvedett több vereség és jelentős területek (itáliai birtokok, dél-német részek) elvesztése után 1806. augusztus 6-án kénytelen volt lemondani a német-római császári címről. A birodalom válságos helyzetén mit sem változtatott az 1808-i magyar országgyűlés által fegyverbe hívott nemesi felkelés, amely 1809-ben súlyos kudarcba fulladt. 1810-ben leányát, a 19 éves Mária Lujza főhercegnőtNapóleonhoz adta feleségül. 1811-ben pénzdevalvációt hajtott végre, ami növelte a magyar rendek szembenállását. Metternich politikáját követve 1812-ben segédcsapatokat bocsátott Napóleon rendelkezésére az oroszországi hadjárathoz, ennek kudarca után viszont porosz-orosz szövetségben Franciaország ellen fordult. Napóleon bukása után az 1814–15-ös bécsi kongresszuson a Habsburg-ház visszanyerte elvesztett birtokait. 1815. szeptemberben I. Sándor orosz cárral és III. Frigyes Vilmos porosz királlyal létrehozta a Szent Szövetséget a forradalmi megmozdulások leverésére, a reakciós feudális rendszer megszilárdítására, Ausztria 1820–21-ben intervenciót folytatott a nápolyi és piemonti forradalmak ellen.
Ferenc uralkodásának első éveiben rendkívül fontos törvények születtek a Magyar Királyság belügyeire nézve. Például:
Az 1792. évi VII. törvénycikk „A magyar nyelv tanításáról és használatáról”, például, kimondta a következőket: ’…Ő királyi felsége helyeslésével határozzák a karok és rendek, hogy a magyar nyelv tanítása ez ország határai között ezentul rendes tantárgy legyen, hogy ily módon bizonyos idő lefolyása alatt lassankint közhivatalt az ország határain belül csak olyanok nyerjenek, a kik egyéb, rendesen elvégzett tanulmányaik mellett a hazai nyelv ismeretét is a tanárok bizonyítványával igazolni tudják. A kapcsolt részekben pedig maradjon rendkivüli tantárgynak. Azok a külföldiek azonban, a kik a közmüveltségi tudományok tanulása végett látogatják a magyar egyetemet, vagy az akadémiákat, és nem szándékoznak valaha ez országban alkalmaztatást nyerni: a magyar nyelv tanulásának kötelezettsége alól mentessenek föl.’
Az 1792. évi XI. törvénycikk „Erdélyről, valamint a Magyarországot illető vármegyék és kerületek visszacsatolásáról és bekeblezéséről” a következőkről rendelkezett: „Habár az 1741:18. czikkelyben is határozott szavakkal el van ismerve, hogy Erdélyt Ő felsége, mint a magyar Szent Koronához tartozó országot, magyar királyi minőségében birja: mégis a karok és rendek ez iránt tett előterjesztéséhez Ő szent felsége kegyesen hozzájárulván, határoztatik, hogy az országnak Erdélylyel való szorosabb egyesülése érdemét a közpolitikai országos bizottság tárgyalás alá vegye, s arról a jövő országgyűlésen jelentést tegyen.
A mi pedig az imént idézett czikkely foganatosítása végett Kraszna, Közép-Szolnok és Zaránd vármegyék, valamint Kővár vidéke óhajtott visszacsatolását illeti: föntebb nevezett Ő felsége nyilvánítani méltóztatott, hogy az erdélyi urakat a legközelebb tartandó országgyülésen meghallgatandja és azok nyilatkozatát megkapván, saját kegyelmes határozatát tudatni fogja az ország karaival és rendeivel.”
Az 1792. évi IX. törvénycikk „Hogy a magyar és katonai határőrvidékiezredekhez fő- és törzstisztekül született magyarok választassanak s ezredtulajdonosokul kineveztessenek, valamint a katonai fiatalságnak a katonai akadémiákban való neveléséről” a következőket rendelte el: „A karok és rendek az iránt tett alázatos előterjesztésére, mely szerint a magyar és határőrvidéki ezredekhez fö- és törzstisztek választásánál, és az ezredtulajdonosok kinevezésénél a született magyarok első sorban vétessenek tekintetbe, és hogy a katonai akadémiákban a magyar ifjuság is képeztessék a hadi szolgálatra: Ő szent felsége a karok és rendek kivánságát jogosnak ismervén el, egyszersmind kegyelmesen elhatározni méltóztatott, hogy ámbár viszont a német ezredekben fő- és törzstiszti minőségben magyarok tényleg alkalmazva vannak, mindazonáltal Ő felsége ugy a magyar, mint a német ezredekben létező katonatisztek tényleges számáról magának a szükséges értesítést bekivánandja, s azután ugy fog intézkedni, hogy a helyes arány föntartásával a panasz további oka megszüntettessék, s annálfogva a született magyarok azon biztos reménytől vonzatva lépjenek a katonai pályára, hogy érdemeikhez képest magasabb fokozatokra fognak eljutni; de arról is kegyesen intézkedni fog, hogy a magyar katonatisztek fiainak, a mennyire lehetséges, alkalom nyujtassék magukat a katonai akadémiákban hadi szolgálatra kiképezniök.”
Apjával ellentétben – aki a felvilágosodás képviselője, volt, de egyben reálpolitikus is, nem úgy mint nagybátyja, II. József – a merev konzervativizmus és a régi feudális világ minden áron való fenntartására törekedett. Ebben a törekvésében szövetségesre talált a forradalom túlkapásaitól (és a társadalmi egyenlőséget hirdető, – nemesi udvarházakat felégető, papokat gyilkoló forradalmárok vad kihágásaitól) tartó magyar nemesség zömében. Ferenc kiváló érzékkel (minden bizonnyal a propagandát irányítók sugallatára) a magyar országgyűlésen huszártábornoki egyenruhában jelent meg úgy, mint sok más főherceg is, az országgyűlésen magyarul szólalt fel, elnyerve ezzel a magyar nemesség rokonszenvét és ami a fő a támogatásukat is.
Magyarországon a király az 1811–12-i országgyűlés után csak 1825-ben, a vármegyék erélyes fellépésére hívott össze országgyűlést, amely viszont megnyitva a reform-országgyűlések sorát, előrevetítette erőszakos abszolutista rendszerének szükséges bukását. Metternich nagy befolyást gyakorolt Ferenc felett, elhíresült mondása lett a változtatás és a birodalom érdekében hozandó, és az általa (és Metternich által) gátolt reformokat sürgetőknek adott válasza, A Metternichet, meg engem még kibír. A francia forradalomra (annak véres eseményeire és a terrorra) hivatkozva nem engedett reformokat bevezetni.
1788. január 6-án Ferenc főherceg Bécsben feleségül vette Erzsébet Vilma württembergi hercegnőt (Prinzessin Elisabeth Wilhelmina, 1767–1790), II. Frigyes Jenő württembergi herceg és Dorottya brandenburg-schwendt-i hercegnő leányát. 1790. február 18-án megszületett egyetlen gyermekük, Lujza (Ludovika) Erzsébet főhercegnő (1790–1791). A szülés során az anya, majd 14 hónap múlva a kisleány is meghalt.
↑Nicolas Enache. Marie-Anna archiduchesse d’Autriche (1804–1858), La descendance de Marie-Thérèse de Habsbourg, reine de Hongrie et de Bohême. L’Intermédiaire des chercheurs et curieux (ICC), 28. o. (1996). ISBN 2-908003-04-X