Kereta api Prabu Jaya pertama kali beroperasi pada 17 September 2018 untuk menempuh jarak sejauh 78 kilometer dalam waktu 1 jam 25 menit—tanpa berhenti di stasiun-stasiun lain yang terletak di antara kedua stasiun tersebut.[1]
Mulai 30 Maret 2020, kereta api ini berhenti beroperasi dikarenakan dalam rangka mencegah penyebaran pandemi koronavirus (COVID-19) di Indonesia. Dan sejak diberlakukannya Grafik Perjalanan Kereta Api (Gapeka) 2021, KA ini pun resmi dihapus dari Gapeka.
3 kereta kelas bisnis (K2 KPT) + 1 kereta makan (M1 KPT)/1 kereta makan pembangkit (MP2 KPT) + 4 kereta kelas eksekutif (K1 KPT) + 1 kereta pembangkit (P KPT)
Catatan : Susunan rangkaian kereta dapat berubah sewaktu-waktu
Jadwal perjalanan
Berikut ini adalah jadwal perjalanan kereta api Prabu Jaya per 1 Desember 2019 (sesuai Gapeka 2019).
Hanya berisi layanan kereta api yang dioperasikan oleh induk perusahaan. Untuk layanan yang dioperasikan oleh anak perusahaan, lihat Templat:KAI Commuter untuk layanan KAI Commuter, Templat:KAI Bandara untuk layanan KAI Bandara dan Templat:KCIC untuk layanan KCIC/Whoosh