Come nella stagione precedente le squadre partecipanti furono sedici e disputarono un girone di andata e ritorno per un totale di 30 partite.
Le ultime due classificate furono retrocesse in Beta Ethniki mentre la terzultima spareggiò con la terza della seconda divisione.
Il punteggio prevedeva tre punti per la vittoria, uno per il pareggio e nessuno per la sconfitta.
Le squadre ammesse alle coppe europee furono sei: i campioni e la seconda classificata alla fase a gironi della UEFA Champions League 2004-2005 con la terza che ne disputò i preliminari e la vincitrice della coppa nazionale con quarta e quinta alla Coppa UEFA 2004-2005.