La Coppa d'Estonia2003-2004 (in estoneEesti Karikas) è stata la 12ª edizione del torneo dopo l'indipendenza dell'Estonia. Il Levadia Tallinn ha vinto il trofeo per la terza volta nella sua storia.
Il torneo si dipanava su cinque turni: sedicesimi e ottavi erano in gara unica in casa della squadra peggio classificata in campionato; quarti e semifinali erano disputati su gare di andata e ritorno; la finale in gara unica in campo neutro unica a Tallinn.
Le squadre di Meistriliiga 2003 entrarono tutte in scena dagli ottavi, disputando la gara fuori casa.