La Coppa d'Estonia 2015-2016 (in estoneEesti Karikas) è stata la 24ª edizione del torneo. La competizione è iniziata il 10 giugno 2015 ed è terminata il 21 maggio 2016. Il Flora Tallinn ha vinto il trofeo per la settima volta nella sua storia.
14 al primo turno: Ajax Lasnamäe, Charma Tabasalu, Ganvix Türi, Imavere Forss, Keila, Kose, Metropool Pärnu, Nõmme United, Noorus-96 Jõgeva, Piraaja Tallinn, Rada Kuusalu, Saue Laagri, Tallinn CF, Tõrva.
3 al secondo turno: TJK Legion, Viimsi MRJK, Welco Tartu.
30 squadre di III Liiga 2015
20 al primo turno: Atli Rapla, Eestimaa Kasakad, FC Lelle, Forza Tallinn, Kaitseliit/Kalev, Kalju Nõmme III, Kernu Kadakas, Maardu United, Narva United, Navi, Olympic Tallinn, Pirita Reliikvia, Retro, Soccernet, Suema/Castovanni, Tannem Vastseliina, Tartu FC, Tääksi, Ülikool Fauna Tartu, Warrior Valga.
10 al secondo turno: Ambla, Dnipro Tallinn, EMÜ, Järva-Jaani, Kalev Tallinn III, Läänemaa Haapsalu, Loo, Maardu II, Merkuur Tartu, Otepää.
17 squadre di IV Liiga 2015
15 al primo turno: BW Tartu, Depoo Tallinn, Eston Villa, Harju, Helios Tartu, Igiliikur Viimsi, Jalgpallihaigla, Märjamaa, Niirvana, Reaal Tallinn, Roosu, Twister, Väätsa Vald, Valla Raasiku, Wolves Jõgeva.
2 al secondo turno: Jalgpalliselts Tallinn, Tabivere.
17 squadre di Rahvaliiga 2015
14 al primo turno: FC TransferWise, IceBears, Kohtla-Nõmme, Küsimärk, Like & Share, Lokomotiv Rapla, Moe, Pedajamäe, Peedu, Puhkus Mehhikos, Raudteetöölised, Roosad Pantrid, Rumori Calcio, Virtsu.
3 al secondo turno: Fellin/Club Red, Lootos FCR, Õismäe Torm.