Nel 1996 l'Atlantis partecipò alla Kakkonen, terza serie del campionato finlandese di calcio, e l'anno seguente vinse il suo girone e venne promosso in Ykkönen[1][2]. Nel 1999, dopo aver chiuso prima il suo girone al secondo posto e poi il girone promozione sempre al secondo posto, disputò la finale dello spareggio per la promozione in Veikkausliiga, ma venne sconfitto prima dal Tampere United e poi dal VPS[2]. Nel 2000 giunse nuovamente allo spareggio promozione, vinse contro il TPS e venne promosso in Veikkausliiga per la prima volta[2]. Nel 2001, da neopromosso, l'Atlantis concluse il campionato al settimo posto finale e si aggiudicò la Coppa di Finlandia, battendo in finale per 1-0 il Tampere United[1][2].
L'anno seguente, il 2002, venne meno lo sponsor principale, il club andò in bancarotta, e trasferì la licenza per la partecipazione alla Veikkausliiga all'AC Allianssi[2]. La società continuò le attività con la squadra giovanile, che, con il nome di Atlantis Akatemia venne ammessa in Kakkonen[2]. Nel 2004 riassunse la denominazione Atlantis Football Club, e al termine dello stesso anno venne promossa in Ykkönen[2]. L'Atlantis disputò cinque stagioni consecutive in Ykkönen e nel 2009 retrocesse in Kakkonen[1].
