Dal 1º luglio 1995 al 2 settembre 1998 ha allenato il Meerseen. Dal 3 settembre 1997 al 30 giugno 2000 ha allenato il Fortuna Sittard. Le prime importanti esperienze da allenatore Bert le ha vissute dal 1º luglio 2000 al 30 giugno 2004 alla guida del Feyenoord, squadra olandese, vincendo la Coppa UEFA nel 2001-2002. Il 1º luglio del 2004 è passato al Borussia Dortmund, ma senza fortuna. Nel dicembre 2006 la società e van Marwijk hanno dichiarato di voler consensualmente rescindere il contratto che li lega al termine della stagione 2006-2007. L'allenatore ha però lasciato la panchina del club già il 18 dicembre 2006.
Il 14 luglio 2007, dimostrando d'essere ancora molto legato alla sua vecchia squadra, il tecnico dichiara di voler tornare ad allenare il Feyenoord una seconda volta, dopo che svariati allenatori, fra cui Co Adriaanse, avevano rifiutato l'incarico. L'allenatore aiuta la squadra a ripartire da zero, contribuendo alla sua completa rifondazione dopo la drammatica stagione 2006-2007, in cui i Kameraden erano finiti al settimo posto nella classifica della massima serie olandese. Quattro importanti giocatori vengono portati al club olandese da van Marwijk (Tim de Cler, Giovanni van Bronckhorst, Kevin Hofland e Roy Makaay), con l'obiettivo comune di riportare il Feyenoord agli antichi splendori.
Dopo il campionato d'Europa del 2008 succede a Marco Van Basten sulla panchina della nazionale olandese. Sotto la sua guida, gli olandesi raggiungono di nuovo, dopo trentadue anni, la finale di un mondiale di calcio, ma vengono battuti dalla Spagna ai tempi supplementari. Rimane il commissario tecnico della nazionale olandese anche per le qualificazioni al campionato d'Europa del 2012, in cui ottiene il primo posto nel girone, grazie a nove successi in dieci gare disputate. Nella fase finale della rassegna continentale l'Olanda si piazza ultima nel proprio girone, avendo subito tre sconfitte in tre partite; alla fine del torneo Van Marwijk annuncia le dimissioni da CT degli oranje,[2] nonostante sia stato confermato dalla federcalcio olandese (KNVB),[3] la quale lo ringrazia "per aver compiuto un lavoro straordinario portando la squadra alla finale mondiale e al primo posto nel ranking FIFA".[4]
Il 22 settembre 2013 firma un contratto biennale con l'Amburgo, dove ritrova il connazionale Rafael van der Vaart. Il 15 febbraio 2014, con la squadra penultima in classifica, viene esonerato. In seguito lavora come opinionista per il canale olandese NOS in occasione del campionato mondiale di calcio 2014.
Il 25 agosto 2015 è nominato commissario tecnico dell’Arabia Saudita, con cui firma un contratto di un anno.[5] Esordisce con una vittoria per 7-0 contro Timor Est in una partita valevole per le qualificazioni al mondiale di Russia. Il 21 aprile 2016 gli viene prolungato il contratto.[6] Il 5 settembre 2017 qualifica la nazionale araba al mondiale di Russia dopo aver battuto il Giappone per 1-0 e a dodici anni dall'ultima qualificazione dei sauditi ai mondiali. Dieci giorni dopo la scadenza del contratto si vede revocare l'incarico: la federazione saudita si rifiuta di rinnovare l'accordo perché richiede che il CT risieda in Arabia Saudita, richiesta che van Marwijk non accetta.[7]
Il 24 gennaio 2018 assume le redini dell'Australia.[8] Ai Mondiali del 2018, la squadra riesce a fare solo un punto contro la Danimarca e arriva ultima nel girone di cui fanno parte anche Francia e Perù. A luglio viene sostituito da Graham Arnold. Dal 15 luglio 2018 fino al 16 dicembre 2019 è consulente del genero Mark van Bommel, che era stato suo assistente sulla panchina dell'Australia e in giugno era diventato il tecnico del PSV Eindhoven.[9]
Il 20 marzo 2019 firma un contratto quadriennale con la nazionale emiratina, alla cui guida sostituisce Alberto Zaccheroni. Il 4 dicembre dello stesso anno viene esonerato dopo che la squadra non ha superato il girone della Coppa delle nazioni del Golfo 2019. Il 14 dicembre 2020, un anno dopo l'esonero, torna alla guida degli Emirati Arabi Uniti.[10] La seconda esperienza alla guida della nazionale emiratina si rivela deludente, a causa di una campagna per le qualificazioni al mondiale in Qatar in cui vince solo una su sei partite e porta gli Emirati Arabi Uniti a una delle sconfitte più cocenti nella storia della nazionale, quella per 5-0 contro il Qatar nella Coppa araba FIFA 2021.[11] Il 12 febbraio 2022, anche a causa degli scarsi risultati, decide di dimettersi.[12]
Statistiche
Statistiche da allenatore
Club
Statistiche aggiornate al 24 luglio 2020. In grassetto le competizioni vinte.
^ Alessandra Bocci, L'Olanda in cerca del c.t.: Ronald Koeman o Gullit?, in La Gazzetta dello Sport, 29 giugno 2012, p. 19.
^Troppa delusione, Bert van Marwijk lascia, su it.eurosport.yahoo.com, 27 giugno 2012. URL consultato il 30 marzo 2015 (archiviato dall'url originale il 2 aprile 2015).