Già Obizzo II d'Este era stato signore di Modena dal 1288 al 1293, ma suo figlio Azzo VIII non era riuscito a mantenerne il controllo. Suo nipote Obizzo III riprese la città dopo un assedio durato quasi un anno. Lui, suo fratello Niccolò I e i loro eredi furono proclamati perpetui et generales domini civitatis, districtus, territorii et totius episcopatus Mutine.
Nel 1598 papa Clemente VIII non concesse a Cesare d'Este la successione nel ducato di Ferrara poiché non venne ritenuto l'erede legittimo di Alfonso II d'Este, che era morto senza figli. Essendo Ferrara feudo papale gli Este dovettero lasciare l'antica capitale e trasferire la loro corte a Modena, perché intanto l'imperatoreRodolfo II d'Asburgo aveva accettato la successione di Cesare per i territori legati alla corona. Nel 1598 quindi cessò di esistere il Ducato di Ferrara, Modena e Reggio ed iniziò il Ducato di Modena e Reggio. Questo momento storico di passaggio di poteri a Ferrara fu definito devoluzione di Ferrara allo Stato Pontificio.
Figlio di Francesco III; perse il Ducato di Modena e Reggio a causa dell'invasione francese e fu compensato con il ducato di Brisgovia; morì il 14 ottobre 1803
Nel 1814 venne ripristinato sotto la dinastia Austria-Este, poiché, nel gennaio 1771, la Dieta perpetua di Ratisbona aveva attribuito la successione del ducato, che era feudo imperiale, all'arciduca d'Austria Ferdinando, genero in pectore del futuro duca Ercole III. Al ricostituito ducato furono aggiunti, nel 1815, i cosiddetti feudi imperiali della Lunigiana che il congresso di Vienna aveva attribuito al Ducato di Massa e Carrara, ma che l'ultima duchessa, Maria Beatrice d'Este, vedova di Ferdinando e madre del nuovo duca, girò immediatamente a quest'ultimo. Nel 1829, alla sua morte, egli subentrò pure nel resto dei possessi della madre e, nel 1847, anche nel ducato di Guastalla. Il ducato di Modena e Reggio fu poi definitivamente annesso al Regno di Sardegna nel 1859.