Giovanni Desiderio Bernardi imparò i primi rudimenti della glittica dal padre Bernardo (1464-1553) valente orafo che avviò lui e il fratello Orfeo all'arte dell'incisione delle pietre dure.
In occasione dell'incoronazione dell'imperatore del Sacro Romano ImperoCarlo V a Bologna in San Petronio (14 febbraio 1530), l'artista fece il ritratto del sovrano su una medaglia in oro. Dal 1534 al 1538 Giovanni Bernardi ricoprì l'incarico di incisore della zecca pontificia, con il perugino Tommaso Cristiani.
Dopo la morte, nel 1535, del suo mecenate, il cardinale Ippolito de' Medici, Giovanni Bernardi entrò al servizio del cardinale Alessandro Farnese per il quale eseguì numerose opere, fra cui parte degli intagli su cristallo di rocca inseriti nella famosa Cassetta Farnese: nelle quattro facce della Cassetta sono incastonati sei ovali intagliati dal Bernardi, raffiguranti scene allegoriche; sono sovrastati da targhette in cui compaiono scritte in greco e latino inerenti al soggetto.[2]
Nel 1539 il Bernardi ritornò in Romagna, dove ebbe il merito di valorizzare e migliorare l'arte dell'incisione. Si stabilì a Faenza, dove terminò il Ciborio Farnesiano.
Dal 1º settembre 1540 al dicembre 1545 lavorò nuovamente alla Zecca papale. Rimasto vedovo e senza figli, si risposò a Faenza nel 1546 con Girolama Mondini da cui ebbe tre figli: due maschi e una femmina.
Giovanni Bernardi morì il 22 maggio 1553 ancora nel pieno della sua attività e della sua fama.
Roma ha dedicato una via a Giovanni da Castel Bolognese così come il suo paese natale gli ha dedicato la piazza principale.
La Cassetta Farnese è conservata nella Galleria Nazionale di Capodimonte a Napoli, dove un'intera sala è riservata alle opere del Bernardi.
La Pinacoteca di Napoli conserva un ritratto di incerta attribuzione che si presume riproduca le sue fattezze, per via della presenza di una grande medaglia (o cammeo) sulla falda del suo cappello. Una copia di questo ritratto, opera del pittore Giovanni Piancastelli, si trova nel Municipio di Castel Bolognese.
Nel museo storico di Vienna è conservata un'opera intitolata La battaglia di Pavia, in cristallo di rocca.
^Vita (libro primo, cap. LXV) asserisce... che per essere venuto a Roma un certo Giovanni da Castel Bolognese, molto valentuomo per far medaglie, di quella sorte che io facevo, in acciaio, e che non desideravo altro al mondo che di fare a gara con questo valentuomo.
^Le incisioni riproducono la Battaglia delle Amazzoni, la Battaglia fra Centauri e Lapiti, un Baccanale, la Caccia al Cinghiale Calidonio, una Battaglia Navale ed una Corsa di quadrighe nel circo.[1]
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