Il 6 settembre 1554 Ippolito si trovata a Compiègne, da cui scrisse una lettera alla Duchessa di Mantova.[2]
Ancora giovane, si arruolò nell'esercito del re Enrico II di Francia e del successore Francesco II di Francia, con cui combatté strenuamente in diverse battaglie contro gli Ugonotti comandati da Luigi I Borbone, principe di Condè. Il 3 agosto 1562 Ippolito si trovava con la guarnigione a Blois, dove fu costretto a chiedere un prestito.[5]
Dopo la morte del fratello Ludovico II (18 dicembre 1568), fu nominato insieme all'altro fratello Luigi Pico e alla cognata Fulvia da Correggio, quale conte reggente della Mirandola e di Concordia e tutore di Galeotto III Pico della Mirandola (che all'epoca aveva 4 anni). Tuttavia, poco dopo, militando nelle truppe della Lega cattolica del re Carlo IX di Francia contro gli Ugonotti, sotto la guida del duca d'Angiò, venne gravemente ferito da un colpo di archibugio nella sanguinosa battaglia di Jarnac combattuta il 13 marzo (altre fonti citano la battaglia di Bassac del 16 marzo) nell'ambito delle Guerre di religione francesi e morì il 5 aprile 1569 all'età di 28 anni.[8] La notizia della morte giunse alla Mirandola solo il 4 dicembre, essendo stato svaligiato il corriere per due volte.[9]
Monumento nel Pantheon dei Pico
Monumento d'Ippolito Pico nella chiesa di S. Francesco della Mirandola
Il cuore imbalsamato di Ippolito venne sepolto nel Pantheon dei Pico, nella parte sinistra del coro della chiesa di San Francesco a Mirandola,[10], dove il fratello Luigi Pico commissionò in Francia un'elegante monumento in marmo (poi rovinato durante l'occupazione delle truppe francesi nel 1798), decorato con bassirilievi a foggia di trofei e una lapide di marmo nero in cui sono ricordate le virtù militari sovrastate da un cuore circondato dal collare dell'Ordine di San Michele e dallo stemma di famiglia.[9][11]
(LA)
«D.O.M.
Hippolyto Pico præstantissimis
Moribus et bellica virtute clarissimo
Qui Henrico Francisco et Carolum Gallorum
Regibus in externis et civilibus expeditionibus
Insignem adeo operam adolescens adhuc
Navavit ut in ipsa cadens victoria fortissimus
Galliæ dux summus familiæ splendor et
Singulare Italiæ ornamentum heroum
Reliquorum merore et lagrymis
Cecidisse diceretur
Aloysius Picus modestissimus fratri opt.
P. Vix ann. XXVIII Men. IIII Dies VI. Obiit
Nonis Aprilis M.D.LXVIIII.»
(IT)
«A Dio, il più buono, il più grande
All'eccezionale Ippolito Pico
distintissimo per carattere e abilità militare
che Enrico Francesco e Carlo re dei Galli
nelle campagne estere e civili
ancora giovane di così insigne attenzione
combattè fortissimo per la vittoria
del principe di Gallia, splendore della famiglia e
singolare e sommo eroe d'Italia.
Tristezza e lacrime dei sopravvissuti
si direbbe caduto
Luigi Pico, fratello modestissimo, pose.
Morì a soli 28 anni, 4 mesi e 6 giorni
nella nona di aprile[12] del 1569»
Francesco Ignazio Papotti, Annali della Mirandola, in Memorie storiche della città e dell'antico ducato della Mirandola, III, Mirandola, Tipografia di Gaetano Cagarelli, 1876.