Nel 2017 ha ricevuto le insegne di ufficiale della Legion d’onore assegnatale dal presidente della Repubblica francese per la sua attività di storica e di giornalista.
Di madre cattolica e padre massone, all'età di due anni decise di cambiarsi il nome in Lucetta, che fu accettato in famiglia e le rimase[1]. Giuseppe Scaraffia è suo fratello.
Fino all'adolescenza ricevette una rigorosa educazione cattolica e frequentò il Liceo Parini di Milano. Negli anni Settanta si allontanò dalla fede e militò nel movimento femminista. Nel 1971 contrasse un primo matrimonio, poi dichiarato nullo. Nel 1982 ha avuto una figlia dallo storico Gabriele Ranzato[2]. Poco dopo ha incontrato e successivamente sposato lo storico e giornalista Ernesto Galli della Loggia[3].
Da prima della conversione si è interessata della vita delle sante Rita da Cascia e Teresa d'Ávila, in prospettiva di storia sociale.
Si è occupata di storia delle donne e di storia religiosa, con particolare attenzione alla religiosità femminile (La santa degli impossibili. Vicende e significati della devozione a Santa Rita, Torino, 1990; Donne e fede, con Gabriella Zarri, Roma-Bari, 1994; trad. inglese Women and Faith, Cambridge University Press, 1999; Il Concilio in convento, Brescia, 1996) e di rapporti fra la società occidentale e l'Islam (Rinnegati. Per una storia dell'identità occidentale, Roma-Bari, 1993).
In Loreto, Bologna, il Mulino, 1998 affronta il rapporto fra identità italiana e il più antico e importante santuario mariano della penisola. In Il Giubileo, Bologna, 1999 (tradotto in spagnolo per l'editore Acento) ha ricostruito storia e significati dell'istituzione giubilare. Sempre del 1999 è il libro Donne del '900, Firenze, liberalibri, scritto con Anna Bravo. Nel 2000 è uscito il manuale di storia in tre volumi I fili della memoria, Uomini e donne nella storia, scritto insieme ad Anna Bravo e Anna Foa per Laterza.
Ha curato, con Eugenia Roccella, il dizionario biografico delle Italiane dall'Unità d'Italia alla prima guerra mondiale, pubblicato in tre volumi nel 2004 dalla Presidenza del Consiglio dei ministri. È autrice con Margherita Pelaja di Due in una carne. Chiesa e sessualità nella storia, pubblicato nel 2008.
Il 22 gennaio 2004 sostiene su Avvenire che la codifica del DNA abbia messo in crisi il darwinismo[4], scatenando la reazione della comunità scientifica e in particolare di Telmo Pievani[5].
Rinnegati. Per una storia dell'identità occidentale, Laterza, Roma-Bari 2002 (2ª ed.)ISBN 88-420-4255-2
Francesca Cabrini. Tra la terra e il cielo, Paoline Editoriale Libri, Milano 2003 (3ª ed.)ISBN 88-315-2544-1
Donne ottimiste, Femminismo e associazioni borghesi nell'Otto e NovecentoIl Mulino, Bologna 2004, con A. Isastia (pp. 7–111; 277-288)
Contro il cristianesimo. L'ONU e l'Unione Europea come nuova ideologia, con Eugenia Roccella, Piemme, Torino 2005
Lo splendore del vero. L'incontro di Margherita Albana Mignaty con Edouard Schuré, in «Dimensioni e problemi della ricerca storica», 2005
La Salette. Un santuario reinventato da intellettuali e occultisti, in «Mélanges de l'Ecole Françaises de Rome, Italie et Méditerranée», tome 117 (2005), 2, pp. 677–693
Femminismo e utopia, in Donne fra Otto e Novecento: progetti culturali, emancipazione e partecipazione politica, a cura di P. Magnarelli, EUM, Macerata 2007, pp. 23–32
La "quota rosa" dei santi, in «Società e storia», 2007, n. 115, pp. 129–138
I vizi capitali, Edizioni Messaggero Padova (collana "Problemi e proposte"), 2013 ISBN 978-88-250-3370-0
La grande meretrice. Un decalogo di luoghi comuni sulla storia della Chiesa, a cura di Lucetta Scaraffia, Editrice Vaticana, 2013. ISBN 978-88-209-9075-6
Le opere di misericordia spirituale, Edizioni Messaggero Padova, 2014 ISBN 978-88-250-3531-5.
I doni dello Spirito Santo, Edizioni Messaggero Padova (collana " Problemi e proposte"), 2015 ISBN 978-88-250-3898-9
^«Neppure i più recenti seguaci del biologo inglese [Darwin] si accorgono delle tragiche derive eugenetiche che nascono dalle teorie di selezione della specie. Nessuno dice che la scoperta del DNA è un forte ostacolo alle ipotesi del cambiamento evolutivo»
^Creazione senza Dio, Einaudi, collana Vele, Torino, 2006, alle pagg 50-51