Il 27 aprile 2017, Hooker fu scelto come 15º assoluto nel Draft NFL 2017 dagli Indianapolis Colts.[1] Il 18 maggio 2017, firmò un contratto quadriennale del valore di 12,59 milioni di dollari con i Colts.[2]
Debuttò come professionista subentrando nella gara del primo turno contro i Los Angeles Rams mettendo a segno 4 tackle.[3] La settimana successiva partì da titolare contro gli Arizona Cardinals, dovendo sostituire il compagno di squadra infortunato Darius Butler; fece registrare due placcaggi, un passaggio deviato e il suo primo intercetto ai danni del quarterbackCarson Palmer, ritornandolo per 32 yard. Nel turno successivo contro i Cleveland Browns, Hooker mise a segno tre placcaggi, un passaggio deviato e il secondo intercetto in carriera, ai danni del quarterback DeShone Kizer; i Colts vinsero per 31–28.[4] Mise a segno un altro intercetto nel turno successivo contro i Seattle Seahawks sul quarterback Russell Wilson.[5] Nel settimo turno contro i Jacksonville Jaguars, Hooker si ruppe il legamento crociato anteriore e il legamento mediale collaterale, venendo costretto a saltare tutto il resto della stagione.[6] Fu inserito in lista infortunati il 24 ottobre 2017.[7] Terminò la sua stagione da rookie con sette presenze (di cui sei da titolare), 21 placcaggi totali (15 solitari e 6 assistiti), tre intercetti e quattro passaggi deviati.
Stagione 2018
Nella partita del quinto turno contro i New England Patriots, Hooker mise a segno un record stagionale di 12 placcaggi totali (4 solitari e 8 assititi); i Colts furono sconfitti per 24–38.[8] Nel turno successivo contro i New York Jets, mise a segno un placcaggio e il suo primo intercetto stagionale, ai danni del quarterback Sam Darnold; i Colts furono sconfitti per 34–42.[9] Hooker tornò nel decimo turno contro i Jacksonville Jaguars, dopo aver saltato i tre turni precedenti a causa di un infortunio al ginocchio; mise a segno quattro placcaggi solitari e il suo primo fumble recuperato in carriera.[10] Nel sedicesimo turno contro i New York Giants fece registrare sei placcaggi totali (quattro solitari e due assistiti), un passaggio deviato e il suo secondo intercetto stagionale sul quarterback Eli Manning che assicuro ai Colts la vittoria per 28–27.[11] Hooker terminò la stagione regolare 2018 con 14 presenze da titolare, 44 placcaggi totali (30 solitari e 14 assistiti), due intercetti, un fumble recuperato e quattro passaggi deviati.
Hooker disputò da titolare la sua prima partita nei play-off in carriera, il Wild Card Game contro gli Houston Texans, facendo registrare due placcaggi totali (uno assistito); i Colts vinsero per 21–7.[12] L'infortunio al ginocchio sofferto a metà stagione si aggravò e lo costrinse a saltare il Divisional Play-off contro i Kansas City Chiefs; eventualmente la stagione dei Colts terminò con la sconfitta per 13–31.
Nella settimana 13 della stagione 2022, contro i suoi ex Colts, Hooker fece registrare un intercetto nel primo tempo mentre nel secondo recuperò un fumble e lo ritornò per 26 yard nel primo touchdown in carriera.[13]