Il partito si presentò alle elezioni parlamentari del 1990 ottenendo il 4,1%, senza conseguire alcun seggio. Le elezioni segnarono il trionfo del Forum Civico (49,5%), che raggruppava tutti i partiti che si era impegnati nella cosiddetta "rivoluzione di velluto", contro il regime comunista, che governava il paese dalla fine degli anni '40. SZ, decidendo di presentarsi da solo, si trovò penalizzato nel confronto tra Civici e Comunisti. Nel 1992 si svolsero le nuove elezioni che videro SZ entrare a far parte dell'Unione Socialale Liberale, composta anche dal Partito Socialista Cecoslovacco, dal Partito Agrario e dal Movimento dei Contadini: la coalizione ottenne il 6,5% dei voti ed elesse 16 seggi. L'assemblea parlamentare ceca, fino a quel momento detta Consiglio Nazionale Ceco, al momento della divisione della Cecoslovacchia, divenne Camera dei Deputati. Questo passaggio, però, non coincise con nuove elezioni.
Alle prime elezioni per la Camera ceca, nel 1998, SZ ottenne appena l'1,1% dei voti e non riuscì a conquistare alcun seggio. Alle successive politiche del 2002, SZ raddoppiò i propri consensi, ma non riuscì comunque ad ottenere deputati. Del resto, in nessuna competizione elettorale SZ era mai riuscita ad ottenere seggi neanche al Senato. Alle elezioni europee del 2004, SZ salì al 3,4% dei consensi ed ottenne un seggio nelle contemporanee elezioni per il Senato. Le difficoltà incontrate da SZ ad entrare in Parlamento erano dovute alle eccessive frammentazioni interne, soprattutto in materia sociale. I Verdi, infatti, a differenza degli altri partiti ambientalisti europei non si pongono come un partito espressamente di sinistra, ma si considerano un partito trasversale, che raccoglie ambientalisti di varie tradizioni culturali.
Nel 2005 venne eletto leader del partito Martin Bursík, che riuscì a ricondurre ad unità il partito e che ne incarnava tutte le contraddizioni. Aveva, infatti, militato nel Forum Civico (OF) e nel Movimento Civico (OH), erede del primo. Una volta scioltosi l'OH aderì ai Democratici Liberi e divenne per pochi mesi, nel 1998, ministro dell'ambiente. Successivamente aderì all'Unione Cristiana e Democratica - Partito Popolare Cecoslovacco, ma la abbandonò nel 2003 per aderire ai Verdi. Alle politiche del 2006, Bursìk ha condotto i Verdi al 6,3% dei voti, ottenendo, così, 6 deputati. Una settimana dopo il voto alcuni esponenti della componente più a sinistra del partito, tra cui Eva Holubová, seconda candidata del partito nella regione di Moravia-Slesia, sono stati espulsi dal partito perché avevano invitato a votare il Partito Social Democratico Ceco.