Amarilla debuttò con la squadra della sua città, lo Sportivo Luqueño, all'età di 17 anni. Si trasferì presto in Spagna, al Real Saragozza. Alla prima stagione in Europa (1982-1983) chiuse al secondo posto nella classifica marcatori della Primera División; gli venne così chiesto di giocare per la Nazionale spagnola Under-21, e, accettando questa proposta, in seguito non poté vestire la divisa della Nazionale paraguaiana. Dopo diversi anni al Saragozza, l'attaccante sudamericano si trasferì prima al Racing Santander e successivamente al Barcellona, tra il 1985 e il 1988.
Tornò in Paraguay nel 1988, per giocare nel club Olimpia. Nel 1989 si laureò capocannoniere della Coppa Libertadores grazie a 10 reti segnate. Nella seconda metà dell'anno solare 1989 andò a giocare in Messico, all'América.