L'11 luglio 2000 viene ceduto al Parma insieme al centrocampista Matías Almeyda, nell'ambito dell'affare che porterà alla corte del presidente Sergio Cragnotti il bomber argentino Hernán Crespo.
Il 4 luglio 2001 passa all'Inter, nell'affare che conduce il portiere Sébastien Frey in Emilia. Con i nerazzurri faticò a trovare spazio causa anche un infortunio[4]. Il 28 luglio 2003 rescinde il proprio contratto con la società meneghina.[5]
Il 7 agosto 2003 ritorna alla Lazio, allenata dal suo ex compagno di squadra Roberto Mancini, per poi lasciare la Capitale il 13 gennaio 2004. Appena tre giorni dopo, il 16 gennaio Conceição firma con un'altra sua vecchia squadra, ovvero il Porto.
Ultimi anni
Il 10 agosto 2004 si trasferisce in Belgio per militare nello Standard Liegi: l'ottima stagione 2004-05 gli vale il premio di calciatore belga dell'anno ed un rinnovo contrattuale di due anni. L'11 aprile 2006 tuttavia, riceve una squalifica di tre anni dalla Federcalcio locale per l'aggressione ad un arbitro, durante la partita del 24 marzo[6]. In seguito a questo episodio, il 24 giugno 2007 decide di andare a giocare in Kuwait con l'Al-Qadisiya.
Il 2 gennaio 2008 rientra in Europa, tra le file dei greci del PAOK Salonicco. Il 14 novembre 2009 si ritira dal calcio giocato.[7][8]
Nazionale
Esordì con il Portogallo il 9 novembre 1996, in una gara vinta per 1 a 0 contro l'Ucraina (valida per le qualificazioni al campionato mondiale del 1998). Partecipò al campionato d'Europa 2000, in cui segnò una tripletta decisiva alla Germania nella fase a gruppi.[9] Fu convocato anche per il campionato del mondo 2002 in cui i lusitani furono subito eliminati.
Allenatore
Gli esordi
Il 2 gennaio 2012 è stato chiamato a sostituire Daúto Faquirá sulla panchina dell'Olhanense.[10] Conclude il campionato all'undicesimo posto ottenendo la salvezza. Viene eliminato nella Coppa di Portogallo al quarto turno dal Paços de Ferreira per 2 a 1. Il 7 gennaio 2013 dopo la vittoria per 1 a 0 contro Rio Ave e con la squadra all'ottavo posto in campionato si dimette.[11]
L'8 aprile è chiamato ad allenare la squadra della sua città, ovvero l'Académica.[12]
Braga
Il 26 maggio 2014 viene nominato allenatore del Braga per i successivi due anni.[13] Conclude il campionato al quarto posto con accesso all'Europa League e perde la finale della Coppa di Portogallo contro lo Sporting Lisbona ai calci di rigore. Il 30 giugno 2015 il presidente António Salvador decide di non continuare il rapporto con Conceição e lo sostituisce con Paulo Fonseca.[14]
Nantes
L'8 dicembre 2016 diventa allenatore del Nantes firmando un contratto biennale in sostituzione dell'esonerato René Girard, prende la squadra al penultimo posto in campionato.[15] Il 2 maggio 2017 dopo aver conquistato 35 punti in 18 partite e con la squadra all'ottavo posto, a campionato in corso il club francese gli rinnova il contratto per tre anni.[16]
Nel 2020-2021 il tecnico vince la Supercoppa di Portogallo e a settembre, battendo per 3-1 il Braga, diventa l'allenatore con più partite vinte nella storia dei Dragoes, superando il precedente primato di Jesualdo Ferreira (67).[19] In Champions, dopo avere eliminato la Juventus agli ottavi,[20] si ferma ai quarti di finale contro il Chelsea,[21] in campionato si piazza secondo dietro allo Sporting Lisbona e si ferma in semifinale in entrambe le coppe nazionali. Il 5 giugno 2021 rinnova il proprio contratto con il club fino al 2024.[22] Nel 2021-2022 vince per la terza volta il campionato portoghese, mentre in Champions si piazza terzo nei gironi, retrocedendo in Europa League, da cui viene eliminato agli ottavi. Nelle due stagioni seguenti vince altre due coppe nazionali, un'altra supercoppa di Portogallo e una coppa di lega.
Nell'aprile del 2024, Conceição rinnova il proprio contratto con il Porto fino al 30 giugno 2028.[23][24] Tuttavia, il 4 giugno seguente, il tecnico risolve unilateralmente il proprio accordo con il club,[25][26] in disaccordo con la decisione del nuovo presidente della società, André Villas-Boas, di offrire all'assistente Vítor Bruno l'incarico di allenatore.[26][27]
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