Gimė Buenos Airių priemiestyje Lobose, ūkininko Mario Tomás Perón ir Juana Sosa šeimoje. 16 metų įstojo į karinę mokyklą. Vėliau persikėlė į Italiją ir tarnavo fašistinėje kariuomenėje. 1943 m. gegužę pulkininku tapęs Peronas dalyvavo kariniame perversme prieš Argentinos prezidentą Ramón Castillo. Po perversmo tapo socialinės apsaugos ir darbo ministru ir taikė dideles nuolaidas profesinėms sąjungoms, todėl netrukus tapo populiarus tarp darbininkų klasės atstovų. Vėliau paskirtas viceprezidentu (valdant generolui Edelmiro Farrell). 1945 m. Peronas laikinai areštuotas opozicijos atstovų, bet kariškiams suorganizavus propagandinę kampaniją paleistas.
Pirmoji ir antroji kadencijos
Chuanas Peronas laimėjo 1946 m. rinkimus nedidele 56 % persvara, tačiau su savo žmona Eva Perón (dar vadinta Evita) dominavo Argentinos politiniame gyvenime iki 1955 m. Dalis peronistinės politikos buvo svarbių pramonės šakų nacionalizavimas ir importo pakeitimo vietine gamyba modelio vystymas. 1949 m. Peronas įgyvendino konstitucijos pakeitimą, kuris jam leido antrą prezidento kadenciją.
Perono valdymo laikotarpį galima apibūdinti kaip demokratijos ir diktatūros hibridą: kitos partijos buvo leidžiamos ir vyko laisvi rinkimai, tačiau žiniasklaida ir profesinės sąjungos buvo kontroliuojamos Perono ir jo partijos aparato. Jis taip pat laviravo tarp komunizmo ir kapitalizmo, todėl Perono politika dažnai vadinta „trečiąja pozicija“. Asmenybės kultas ir nacionalistinė propaganda buvo Perono valdymo pagrindiniai ramsčiai. Perono valdymo metu, ypač per pirmąją kadenciją Argentinos ekonomika suklestėjo ir buvo pasiektas gerovės lygis, kurio niekada vėliau pasiekti nepavyko. Iš to laikotarpio kilęs Perono posakis, kad iš to, ką viena argentiniečių šeima išmeta į šiukšlyną, galėtų pragyventi penkios europiečių šeimos.
1940 m. Peronas paskelbė Huemulo projektą, kuriuo, padedant austrų mokslininkui Ronald Richter siekta sukurti atominį ginklą. Europoje žlugus nacių režimui, daugelis fašistų pabėgo į Argentiną, kurioje jie buvo remiami Perono. Jo valdymo laikotarpiu skatintas tango sugrįžimas, legalizuota prostitucija.
Perversmas ir gyvenimas užsienyje
1951 m. Chuanas Peronas perrinktas antrai kadencijai. Konservatoriai stebėjo Perono veiklą su nepasitikėjimu ir antrosios jo kadencijos metu nusprendė surengti perversmą. Susiformavo platus konservatorių – liberalų opozicinis judėjimas, kuris rėmėsi, visų pirma, senąja dvarininkų oligarchija, bet palaikomas dalies profesinių sajungų ir vėliau net katalikų bažnyčios. Ekonominės problemos lėmė, kad šis judėjimas buvo palaikomas ir dalies vidurinio sluoksnio, bet darbininkų klasė liko ištikima Peronui. Po 1955 m. perversmo prezidentas pasitraukė į Paragvajų, vėliau į Panamą. Ten susipažino su María Estela Martínez (Eva Peron mirė 1952 m.) su kuria 1961 m. Ispanijoje susituokė.
Perono sugrįžimas
Jam gyvenant užsienyje, Argentinoje įsivyravo nestabilumo laikotarpis: vieną diktatorių keitė kitas, kildavo riaušės, perversmai ir sukilimai. Dėl to peronistų partijos populiarumas augo ir 1973 m. prezidento rinkimus laimėjęs peronistas Héctor Cámpora pasisiūlė savo vietą užleisti Chuanui Peronui. Sugrįžęs jis laikėsi tvirto dešiniojo kurso, persekiojo opoziciją. Prezidentas įkūrė Alianza Anticomunista Argentina, kuri vykdė sistemingą terorą prieš oponentus. 1974 m. liepos 1 d. Peronas mirė, o vietoje jo prezidente tapo jo žmona Isabel Martínez de Perón. Peronas palaidotas La Chacarita kapinėse Buenos Airėse. 1987 m. jo kapas buvo išniekintas nežinomų vandalų.
