Birželio mėnesį buvo suformuota Lietuvos laikinoji vyriausybė vadovaujama Juozo Ambrazevičiaus. Lietuvių politiniai veikėjai tikėjosi, kad vokiečiai šią vyriausybę pripažins ir leis atkurti nors ir marionetinę, bet formaliai nepriklausomą Lietuvos valstybę (analogiškai Slovakijos protektoratui).
Naujoji vyriausybė ėmėsi formuoti naują valdžios struktūrą, turėjusią užimti po sovietų pasitraukimo likusį vakuumą. Deja, tai neįėjo į vokiečių planus ir vyriausybė po 43 dienų darbo vokiečių buvo paleista. Lietuvos laikinoji Vyriausybė buvo priėmusi ir išleidusi nemažai teisės aktų (dėl žemės grąžinimo ir denacionalizavimo), tačiau okupacinė valdžia neleido jų vykdyti ir galiausiai paskelbė juos negaliojančiais.
Lietuvos sukilėliai ir daugelis sukilimo vadovų bei Laikinosios vyriausybės narių iš pradžių nesuvokė tikrųjų nacių tikslų, bent jau pirmąją savaitę daugelis jų žiūrėjo į vokiečių kariuomenę kaip į išvaduotoją ir sąjungininkę. Todėl daugeliui jų tai, kad liepos mėnesio pabaigoje Lietuvoje, nepaisant gerai veikiančios Laikinosios vyriausybės sudarytos administracijos, buvo įvesta civilinė vokiečių valdžia, buvo skaudus smūgis.
Tik užėmus Lietuvą didžiausią valdžią turėjo šalyje vokiečių karo vadai, vėliau karo komendantai. Vokiečiai panaikino visas piliečių teises ir laisves. Uždrausti susirinkimai ir eismas. Karo komendantai uždraudė išeiti iš namų nuo 21 iki 5 ryto. Valstiečiams nustatytos natūrinės duoklės, už kurių nevykdymą bausta mirties bausme, duokles išieškodavo apygardų ir apskričių viršininkai. Darbininkams už drausmės pažeidimus buvo taikomas areštas, baudos. Represijų mastas išsiplėtė 1944 m. priėmus nutarimą dėl ypatingų priemonių saugumui užtikrinti Lietuvos generalinėje srityje, juo leista asmenį ištremti, bausti didelėmis baudomis ir panašiai. Buvo net įvesta kolektyvinė atsakomybė už partizanų veiksmus.
1941–1944 m. Lietuva buvo įtraukta į vokiečių Ostlando reichskomisariatą kaip Lietuvos generalinė sritis, valdoma civilinės administracijos. Į Ostlandą taip pat įėjo Lietuva, Latvija, Estija ir didžioji Baltarusijos dalis. Šis regionas buvo skirstomas į 6 apygardas. Nuo 1942 m. balandžio 1 d. Lietuvos generalinei sričiai taip pat priklausė Svyrių ir Ašmenos apskritys ir dar kai kurie lietuvių etninių žemių valsčiai bei vietovės dabartinės Baltarusijos teritorijoje.
Reicho komisaras įsikūrė Rygoje. Lietuvai vadovavo generalinis komisaras Teodoras Adrianas fon Rentelnas (dirbo Kaune). Jis turėjo didelį valdymo aparatą, kurio daugelis skyrių ir poskyrių atitiko lietuvių sudarytąsias valdymo struktūras: politinę ir ekonominę valdybas, karo, darbo ir socialinių reikalų skyrius. Vietose, kur buvo žydų getai, komisarai pasiskyrė patarėjus žydų reikalams. Komisarai pasiskyrė patarėjus ir lietuvių klausimais. Buvo ir generaliniai tarėjai atskiroms ūkio šakoms. Generaliniam komisarui buvo pavaldi ir slaptoji ir saugumo policija (SD ir gestapas).
Apskrityse vadovavo apskričių viršaičiai, valsčiuose – viršininkai, miestuose burmistrai, pavaldūs apskričių viršininkams. Visos įstaigos turėjo bendrauti su vokiečiais ir vykdyti jų įstaigų įsakymus. Uždaviniai buvo užtikrinti saugumą ir tvarką: valstybės nuosavybės apsauga ir valdymas, vokiečių kariuomenės aprūpinimas.
Okupuotame krašte daugelį klausimų sprendė ir karinė valdžia.
Lietuviškosios įstaigos
1942 m. kovo 17 d. dėl nesėkmių Rytų fronte paskelbta, kad Lietuvai suteikiama savivalda ir taip įteisinamos lietuviškosios įstaigos. Generaliniai tarėjai gavo teisę leisti potvarkius, tačiau liko kontroliuojami okupacinių įstaigų. Lietuvos teritorija buvo suskirstyta į apskritis ir valsčius. Apskrityse vadovavo apskričių viršaičiai, valsčiuose – viršininkai, miestuose burmistrai, pavaldūs apskričių viršininkams. Visos įstaigos turėjo bendrauti su vokiečių okupacine valdžia ir vykdyti jos nurodymus. Pagrindinė lietuviškų įstaigų funkcija buvo užtikrinti saugumą ir tvarką, organizuoti vokiečių kariuomenės aprūpinimą.
Teismai
Okupantai įsteigė teismus, prokuratūrą ir ypatinguosius teismus, kurie perėmė visas žydų ir vokiečių bylas: aukščiausias teismas visam Ostlandui – apeliacinė ir priežiūros institucija; vokiečių teismas – byloms, kurias gaudavo iš prokuroro arba policijos teismo. Nuo 1942 m. pradžios dar įsteigė ir karo lauko teismą, bet jis negalėjo teisti vokiečių, nes vienintelis to teismo nuosprendis buvo mirties bausmė. Karo lauko teismas buvo sudaromas iš policijos arba SS karininko, kuris tam teismui pirmininkavo, ir dviejų jam pavaldžių policijos pareigūnų ar esesininkų. Vokiečių teismai sprendė administracine tvarka bylas dėl vokiečių ir žydų, dėl žemės sklypų ir įmonių – jos perduodamos generalinio komisaro potvarkiu. Prie aukščiausiojo, vokiečių ir ypatingojo teismo buvo ir prokuratūros. Buvo sudaryti apylinkių, apygardų, apeliacinis teismai. Šių teismų kompetencija buvo ribota. Jei baudžiamosiose bylose teisiamieji buvo ne vokiečiai ir gresianti laisvės atėmimo bausmė buvo mažesnė nei 6 metai, tokias bylas spręsdavo lietuvių teismai. Jei vokiečių prokuroras nereikalauja perduoti bylos, tai byla sprendžiama lietuvių teisme, tačiau tereikia vokiečių prokurorui panorėti ir bet kokia byla iš lietuvių teismo keliaus į vokiečių teismą. Taigi ryškus vokiečių teismų vyravimas. Teismai, prokurorai ir tardytojai vadovaujasi Vokietijos įstatymais.
Žydų pagrobimai ir žudynės prasidėjo pirmosiomis Vokietijos karo su Tarybų Sąjunga dienomis. Lietuvoje dėl vykdytos žydų naikinimo politikos žuvo ypač didelis nuošimtis žydų gyventojų lyginant su kitomis Europos šalimis, nes vokiečių puolimas buvo staigus ir žydai negalėjo ir nespėjo pasitraukti. Dovo Levino „Jad Vašemo studijoje“ (XVI tomas) teigiama, kad 1941 m. birželio 23 d. į Rusiją pasitraukė 15 000 žydų. Adolfo Damušio duomenimis, iš 234 000 Lietuvos žydų karo metais buvo nužudyta 165 000, t. y. – 70 %. Dar 13 000 vokiečiai išvežė į Estiją. 7000 buvo deportuoti į Rusiją dar 1940 m. 6000 žydų emigravo į užsienį 1939–1940 m. Išliko gyvi Lietuvoje ir išėjo gyvi iš vokiečių koncentracijos stovyklų – 28 000.
