Han har vært keeper for flere europeiske klubber, sist for Stuttgart (2008–2010) og Tysklands landslag (1998–2008).
Jens Lehmann begynte sin karriere i hjembyen Essen, og spilte fra 1988 til 1998 for Schalke 04. I juli 1998 ble han solgt til AC Milan, men han spilte bare fem ligakamper i Italia før han vendte tilbake til tysk fotball og Borussia Dortmund. Fra 2003 til 2008 spilte han for Arsenal FC.
Før VM 2006 ble han tysk landslagskeeper, ettersom Jürgen Klinsmann vraket Oliver Kahn. Tyskland vant bronse i dette mesterskapet. Arsene Wenger valgte Manuel Almunia som førstelagskeeper istedenfor Lehmann i hans siste sesong i klubben. Lehmann ble også med i Tysklands tropp i EM i fotball 2008 som førstekeeper. Tyskland vant sølv i dette mesterskapet.
I mai 2008 ble det klart at Lehmann skulle spille for den tyske klubben VfB Stuttgart for 2008/2009-sesongen.