Ján Vojtaššák ble født som det syvende av elleve barn til bonden Anton Vojtaššák og hans hustru Anna née Klimčíková. Innføringen i hans hjemmenighets dåpsregister viser 15. november 1877 som dåpsdag. Etter råd fra den lokale sogneprest, som faren tjenestegjorde for, sendte foreldrene sønnen i 1887 til onkelen Anton Klimčík, som virket som sogneprest i Stankovany, og som i 1889 sendte gutten til de kongelige grammatikkskoler i Trstená og Ružomberok. Påvirket av sine lærere modnet ønsket om å bli prest hos ham tidlig.[2] I september 1895 gikk han inn på presteseminaret i Spiš.
Prest
Den 1. juli 1901 ordinerte Spiš-biskopen Pál Szmrecsányi ham til prest. Han feiret sin første messe en uke senere i hjembyen. I løpet av årene i menighetstjeneste ble den unge presten en populær skriftefar. Som utgiver av katolske aviser var han også aktiv som journalist.
I juli 1925 innkalte han til en bispedømmesynode, som tok for seg prestenes åndelige liv, organiseringen av gudstjenester, forvaltning av sakramentene og kateketisk undervisning, særlig for barn, men også for ungdom og voksne. Kallet av nye religiøse samfunn inn i bispedømmet hans, folkemisjoner, besøk i lokalsamfunn og opplæring av prester var blant hans spesielle satsningsområder.
Etter oppløsningen av Tsjekkoslovakia ble Vojtaššák medlem av statsrådet for Den første slovakiske republikk, som kollaborerte med det nasjonalsosialistiske Tyskland.
I denne funksjon aksjonerte han intensivt for deportering av slovakiske jøder.[5][6] Han var også nestformann i parlamentet.[7] Biskop Vojtaššák undertegnet personlig dokumentet hvorved hans bispedømme overtok Baldovce-kurstedet fra dets opprinnelige jødiske eiere.[8][9] Da deportasjonen av jødene fra Slovakia til det tyskokkuperte Polen ble drøftet i mars 1942, gikk ikke biskop Vojtaššák ut som motstander av slike deportasjoner, men bad om at jøder som var gått over til kristendommen skulle bli bosatt separat fra dem som fortsatte å praktisere jødedommen som religion.[10] Den 15. mai approberte parlamentet dekret 68/1942, som legaliserte retroaktivt deportasjonen av jødene (som var begynt i mars), autoriserte deres tap av statsborgerskap, og regulerte unntakstilfeller.[11] Vojtaššák, som var parlamentets nestformann på denne tid, grep ordet flere ganger i debatten, uten å motsette seg deportasjon.[3][12]
Vatikandiplomaten Giuseppe Burzio skrev til kardinal Luigi Maglione at Vojtaššák skulle ha ytret i et privat møte at Kirken ikke burde blande seg inn i den slovakiske stats forfølfgelse av jøder ettersom de var Slovakias største fiender. Burzio skrev at Vojtaššák hadde et ry på seg som eksessiv nasjonalist, og at man ikke kunne forvente noen sympati overfør jøder fra hans side.[3]
Den slovakiske historiker Ivan Kamenec skriver kritisk om Vojtaššáks adferd under krigen, og argumenterer at han i effekt godkjente deportasjonene og bare kritiserte inhuman fremferd mot jøder som hadde konvertert til kristendom. Likeledes mener historikeren Jan Pešek at Vojtaššák «støttet deportasjonene av jøder fra Slovakia fordi han betraktet dem som et 'fremmeelement på det slovakiske nasjons kropp' - skjønt at Vojtaššák forandret mening da han ble klar over tilintetgjørelsesleirene. Pešek sa at Vojtaššáks antisemittiske holdninger kunne ha blitt så sterke ettersom han aldri foretok noen reiser utenlands, og at det var mangfe i det landlige Slovakia som trodde at jødene var deres fiender.[3]
Etterkrigstiden
I etterkrigstidens Tsjekkoslovakia ble biskop Ján Vojtaššák stilt for retten i juli 1950. Han ble i januar 1951 i en alder av 73 år dømt til 24 års fengsel (Leopoldovfengselet) for høyforræderi. I 1963 ble han benådet, men satt under politiovervåking i Praha.
Han døde 4. august 1965 i Řičany ved Praha, dit han var forvist til å leve; han fikk ikke sette sine føtter på slovakisk jord.
Etter hans død ble hans levninger overført til Slovakia og gravlagt i hjembyen Zákamenné.
I 1996 ble en saligkåringsprosess igangsatt lokalt - det fremheves en rekke kristelige dyder, og det bestrides av interessentene at hans holdninger til jødene er blitt korrekt fremstilt tidligere - og i 2003 ble levningene hans overført til St. Martin-katedralen (Spišská Kapitula).[13]