Qui-Gon er en vis og sterk Jedi og læremester til Obi-Wan Kenobi, og var tidligere Grev Dookuspadawan. Qui-Gon og Obi-Wan blir sendt til planeten Naboo for å løse en politisk konflikt som involverer Trade Federation, et korrupt forretningskonglomerat som har blokkert all handel rundt planeten. Ved ankomst blir de angrepet, og jediene redder dronningen Padmé Amidala. Forsøkene deres på å kjøre blokaden, og gjøre plass for den galaktiske hovedstaden Coruscant, lykkes. Men dronningens romskip blir skadet av angrep fra medlemmer fra Trade Federation-blokade. De har ikke noe annet valg enn å lande skipet på planeten Tatooine, som er en ørken, for reparasjoner.
Mens han leter etter reservedeler på Tatooine, oppdager Qui-Gon en 9 år gammel slave-gutt ved navn Anakin Skywalker. Qui-Gon blir snart fascinert når Anakins mor, Shmi, som forteller ham at gutten ikke hadde noen far. Qui-Gon tror at Anakin kan være den "utvalgte" fra Jedi-læren, som skal være bestemt til å bringe balanse til «the force». Etter en rekke problemer kommer han tilbake til Coruscant, og Qui-Gon ber Jedi Council om å la Anakin få opplæring som en Jedi og gi ham en plass i Jediordenen. Mester Yoda merker også frykt hos gutten, og Jedi Council avslår forespørselen hans å om lære opp gutten. Qui-Gon lover derfor at han selv skal trene Anakin til å bli en jedi-ridder, med eller uten Rådets støtte.
Det var også Qui-Gon Jinn som først oppdaget hvordan man kan materialisere seg som et kraft-spøkelse. Qui-Gon Jinn blir drept av Darth Maul mot slutten av Episode I. Kort tid sener eblir han hevnet av Obi-Wan Kenobi.