Początkowo był wychowywany przez matkę. W wieku dziesięciu lat, z inicjatywy Diany de Poitiers, kochanki Henryka II, został przeniesiony do Saint-Germain-en-Laye pod Paryżem. Jednocześnie otrzymał własny dwór[1].
W 1558 poślubił Marię Stuart (nie mieli potomstwa).
Objął tron, gdy jego ojciec zmarł w 1559 roku w wyniku wypadku podczas turnieju rycerskiego, ale wobec niepełnoletności Franciszka rządy przejęła jako regentka jego matka – Katarzyna Medycejska. W tym czasie powstałe za Henryka II dwa wielkie stronnictwa – katolickie i protestanckie (hugenoci), nadal walczyły między sobą o władzę polityczną w kraju.
Krótkie panowanie Franciszka II zakończyło się w 1560 roku − zmarł na infekcję ucha. Królem Francji został jego młodszy brat Karol IX (1560–1574), a Katarzyna Medycejska ponownie została regentką.
Stanisław Grzybowski: Henryk Walezy. Wrocław - Warszawa - Kraków - Gdańsk - Łódź: Zakład Narodowy im. Ossolińskich, 1985. ISBN 83-04-00118-7. Brak numerów stron w książce