Był drugim dzieckiem i zarazem drugim synem (najstarszym, który dożył wieku dojrzałego) Filipa I, księcia pomorskiego, szczecińskiego i wołogoskiego oraz Marii saskiej. Imiona otrzymał po bracie matki, elektorze saskim Janie Fryderyku I[2]. Kapituła kamieńska 29 sierpnia 1556 wybrała go na urząd (pierwszego świeckiego) biskupa kamieńskiego. Diecezję objął ostatecznie 15 czerwca 1557[3]. Po objęciu tego stanowiska był w latach 1558–1560 studentem na uniwersytecie w Greifswaldzie[4]. Po zaledwie dwóch latach przerwał je, by objąć po zgonie ojca władzę w Księstwie Wołogoskim pod regencją matki i stryja Barnima IX Pobożnego a także krewnych, tj. księcia saskiego na GothaJana Fryderyka II oraz Wolfganga, księcia anhalckiego na Köthen[2]. Następnie książę przez dwa lata przebywał na dworze cesarza w Wiedniu, po czym w 1567 objął samodzielne rządy w Księstwie Wołogoskim wraz z bratem Bogusławem XIII. W wyniku zrzeczenia się 4 kwietnia 1569 przez stryja Barnima IX Pobożnego Księstwa Szczecińskiego Jan Fryderyk objął je i panował w nim aż do śmierci, ponieważ także w podziale z 23 lipca 1569 przypadło mu ono w udziale[3][5]. W 1574 zrezygnował z biskupstwa kamieńskiego, przekazując je najmłodszemu z braci – Kazimierzowi VII[2].
W 1570 był gospodarzem wielkiego kongresu pokojowego w Szczecinie, który zakończył I wojnę północną z udziałem Polski, Danii, miast hanzeatyckich, Szwecji i Rosji; skutecznie wystąpił w imieniu cesarza jako pośrednik w rokowaniach[4]. Jednak koszty kongresu i krach finansowy spowodowany bankructwem w 1572 wielkiego domu bankowego Loitzów zrujnowały księstwo[3]. Jednym z wierzycieli, którzy nie spłacali długu, była Polska[potrzebny przypis]. Mimo to w latach 1575–1577 Jan Fryderyk m.in. przebudował w renesansowym stylu Zamek Książąt Pomorskich w Szczecinie i Słupsku[3][4]. Był znanym mecenasem nauki. Utrzymywał bliskie kontakty z Polską[potrzebny przypis].
Początkowo (około 1560/1561) zamierzano na dworze polskim wydać za ówczesnego księcia wołogoskiego najmłodszą z sióstr Zygmunta II Augusta – Katarzynę, co mogłoby ułatwić objęcie przez Gryfitę tronu polskiego po śmierci ostatniego Jagiellona. Jednak wobec niemożności uzgodnienia wspólnego stanowiska (strona polska wymagała od władcy pomorskiego udzielenia jej pożyczki, strona pomorska zaś godziła się ją dać jedynie pod zastaw dóbr w Prusach Królewskich) do finalizacji rozmów nie doszło[9].
Ostatecznie Jan Fryderyk, po konsultacjach z bratem Bogusławem XIII 5 kwietnia 1569 i podpisaniu układu małżeńskiego oraz zaręczynowego 5 czerwca tegoż roku w Zechlinie, ożenił się 17 lutego 1577 na zamku szczecińskim z młodszą o prawie 19 lat Erdmutą, córką Jana Jerzego, elektora brandenburskiego i Sabiny, margrabianki na Ansbach. Małżeństwo to było bezpotomne, a stosunki między małżonkami nie układały się najlepiej, co zdaje się potwierdzać naturalne potomstwo księcia[9].
Z nieznanej z imienia konkubiny miał jedno, poświadczone źródłowo dziecko, tj.
↑W starszej literaturze przedmiotu podawana jest również data dzienna pochówku, tj. 17 lutego. Za: v. Bülow: Johann Friedrich, Herzog von Pommern-Stettin. [dostęp 2012-04-05]. (niem.).
↑Janina Kochanowska: Kultura artystyczna na dworze książąt szczecińskich w XVI w.. Szczecin: Szczecińskie Towarzystwo Kultury, 1996. ISBN 83-901727-7-1. Brak numerów stron w książce
↑K. Kozłowski, J. Podralski, Gryfici. Książęta Pomorza Zachodniego, s. 55.
KazimierzK.KozłowskiKazimierzK., JerzyJ.PodralskiJerzyJ., Gryfici. Książęta Pomorza Zachodniego, Szczecin: Krajowa Agencja Wydawnicza, 1985, ISBN 83-03-00530-8, OCLC189424372. Brak numerów stron w książce
ZygmuntZ.BorasZygmuntZ., Książęta Pomorza Zachodniego, Poznań: Wydaw. Naukowe Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza, 1996, ISBN 83-232-0732-1, OCLC830122949. Brak numerów stron w książce