Jego rodzice byli imigrantami z Irlandii. Rodziny były przeciwne temu małżeństwu i między innymi dlatego postanowili udać się do Ameryki. John był drugim z dziesięciorga ich dzieci. Chrztu udzielił mu Benedict Joseph Fenwick późniejszy biskup Bostonu i współkonsekrator jego święceń biskupich. Ukończył szkołę średnią i seminarium w Emmitsburgu, a następnie już po święceniach studia w Rzymie. Do kapłaństwa ordynowany 12 stycznia 1834 w Nowym Jorku. Obrzędu dokonał biskup John Dubois. Był pierwszym rdzennym nowojorczykiem wyświęconym na kapłana. Pracował duszpastersko, a także jako profesor filozofii w seminarium. Po powrocie z Rzymu kontynuował karierę wykładowcy w seminariach w Fordham.