Status księstwa warmińskiego był na tle podziału terytorialnego I Rzeczypospolitej podobny do księstwa siewierskiego. Władzę lokalną w księstwie sprawowali bowiem biskupi warmińscy, a terytorium dominium warmińskiego wchodziło od 1466 na statusie zależnym w skład Korony Królestwa Polskiego. Król Polski zachował pewne wpływy lenne (personalna obsada biskupstwa warmińskiego, zaprzysiężenia wierności państwu polskiemu itd.).
Zależność ta była jednak wielokrotnie kwestionowana, dopiero po zwycięskiej dla Polskiwojnie popiej, zawarto w 1479 tzw. „układ piotrkowski”, w którym potwierdzono wcielenie księstwa warmińskiego do Korony, przyznano biskupowi warmińskiemu tytuł radcy królewskiego, przyznano też jego poddanym prawo do oporu, w przypadku, gdyby władca duchowny odmówił zaprzysiężenia wierności państwu polskiemu. Zastrzeżono, że kapituła warmińska „wybierze osobę miłą królowi polskiemu”. W 1512 („drugi układ piotrkowski”) dodatkowo wzmocniono polską kontrolę nad księstwem, wprowadzając zapis o wyborze biskupa spośród czterech kanoników przedstawionych królowi przez kapitułę. W rzeczywistości władca sam wskazywał swojego kandydata, którego kapituła musiała kreować na swojego kanonika, który zazwyczaj znajdował się potem na pierwszym miejscu listy czterech.
Biskupi warmińscy jako władcy świeccy w księstwie warmińskim mieli m.in. prawo do posiadania własnych sił zbrojnych i bicia własnej monety.
Administrację cywilną sprawowali za pośrednictwem burgrabiów, stojących na czele 7 komornictw biskupich i 3 będących w posiadaniu kapituły warmińskiej. Przynależną sobie władzę wojskową sprawowali na terytorium księstwa wojewodowie malborscy.
Biskupi zwoływali sejmiki warmińskie do Lidzbarka Warmińskiego, do których kompetencji należało zatwierdzanie uchwał podatkowych zapadłych na generale pruskim. Ich obrady poprzedzały zwołane przez burgrabiów zjazdy w komornictwach, na które przybywała warmińska szlachta i wolni chłopi. W 1718 wprowadzono w księstwie stałe podatki na wojsko Rzeczypospolitej i od tego czasu coraz rzadziej zwoływano sejmiki. W 1766 wprowadzono nową Ordynację Krajową (niem.Landesordnung), która regulowała ustrój polityczno-gospodarczy Warmii.