Do 1990 był pracownikiem naukowym na macierzystym wydziale. W 1980 zapisał się do „Solidarności”. Po wprowadzeniu stanu wojennego kontynuował działalność w jej podziemnych strukturach[2].
W stanie wojennym wszedł w skład władz Międzyzakładowego Komitetu Koordynacyjnego Wola, zrzeszającego około stu związkowych komisji, jednej z największych i najdłużej działających podziemnych struktur „Solidarności”. Od marca 1983 do września 1989 pełnił funkcję redaktora naczelnego tygodnika „Wola”. W gronie jego współpracowników byli m.in. Andrzej Urbański i Maciej Zalewski – późniejsi posłowie na SejmI kadencji[2]. W drugiej połowie lat 80. włączył się również w działalność Duszpasterstwa Ludzi Pracy Wola i redagowanie podziemnego czasopisma „Praca”. W 1989 został członkiem Tymczasowego Zarządu Regionu Mazowsze NSZZ „S”[3], a następnie wszedł w skład Tymczasowej Komisji Koordynacyjnej. W 1990 stanął na czele Regionu Mazowsze NSZZ „Solidarność”[2].
Współpraca z SB
W 1992 znalazł się jako tajny współpracownik Służby Bezpieczeństwa na liście Macierewicza. Zaprzeczył jakiejkolwiek współpracy, a w jego obronie wystąpili Zbigniew Bujak, Zbigniew Janas i Henryk Wujec[4]. W 2007 wydał publiczne oświadczenie, podając, iż w 1985 funkcjonariusze SB za pomocą szantażu wymogli na nim podpisanie deklaracji współpracy[5]. Oświadczył, że do podpisania tej deklaracji doszło po wielogodzinnej rewizji w jego domu po groźbach ujawnienia jego zdrady małżeńskiej i zamknięcia trzyletniego dziecka w milicyjnej izbie dziecka[6][7]. 3 stycznia 2008 w złożonym oświadczeniu lustracyjnym podał, że był współpracownikiem organów bezpieczeństwa państwa w rozumieniu ustawy. Z dokumentów w IPN wynika, że w 1988 został zarejestrowany jako kandydat na tajnego współpracownika, a następnie przerejestrowany na tajnego współpracownika[8].
Po odejściu z Sejmu w 1993 Michał Boni jako ekspert współpracował z fundacjami polskimi i międzynarodowymi, m.in. z Centrum Analiz Społeczno-Ekonomicznych (CASE), Centrum Stosunków Międzynarodowych, Polsko-Amerykańską Fundacją Wolności, Instytutem Nauki o Człowieku w Wiedniu. Był przedstawicielem pracodawców polskich w Fundacji na rzecz Poprawy Jakości Życia w Dublinie, doradcą Konfederacji Lewiatan, członkiem Komitetu Naukowego Wsparcia Wspólnoty ds. Oceny NPR i Programów Operacyjnych oraz ekspertem współpracującym przy powstawaniu Narodowego Planu Rozwoju na lata 2007–2013. Od 1994 do czasu objęcia funkcji w rządzie Donalda Tuska był doradcą w funduszu Enterprise Investors, zajmującym się inwestycjami typu private equity w Polsce i regionie Europy Środkowej.
Od 9 stycznia 2008 do 15 stycznia 2009 był sekretarzem stanu w KPRM, 18 stycznia 2008 został szefem Zespołu Doradców Strategicznych premiera Donalda Tuska. 15 stycznia 2009 powołano go na urzędy ministra-członka Rady Ministrów i przewodniczącego Komitetu Stałego Rady Ministrów[9]. 11 kwietnia 2010 został członkiem Międzyresortowego Zespołu do spraw koordynacji działań podejmowanych w związku z tragicznym wypadkiem lotniczym pod Smoleńskiem, powołanego przez premiera Donalda Tuska po katastrofie polskiego Tu-154 w Smoleńsku.
18 listopada 2011 prezydent Bronisław Komorowski powołał go na urząd ministra administracji i cyfryzacji w drugim rządzie Donalda Tuska[10]. W 2013 jako minister administracji i cyfryzacji został przewodniczącym powołanej wówczas Rady ds. Przeciwdziałania Dyskryminacji Rasowej, Ksenofobii i związanej z nimi Nietolerancji[11]. Z rządu, na wniosek premiera Donalda Tuska, został odwołany 27 listopada 2013[12].
Młodzi 2011 (współautor: Krystyna Szafraniec), Kancelaria Prezesa Rady Ministrów, Warszawa 2011, ISBN 978-83-933627-0-7.
Konkurencyjna Polska: jak awansować w światowej lidze gospodarczej? Rekomendacje (współautorzy: Tomasz Geodecki, Jerzy Hausner, Aleksandra Majchrowska, Krzysztof Marczewski, Marcin Piątkowski, Małgorzata Starczewska-Krzysztoszek, Grzegorz Tchorek, Jacek Tomkiewicz, Marzenna Anna Weresa), Fundacja Gospodarki i Administracji Publicznej, Kraków 2014, ISBN 978-83-89410-52-8.
Raport Polska 2030, Kancelaria Prezesa Rady Ministrów, Warszawa 2014.
Młodzi 2018 (współautor: Krystyna Szafraniec), A propos i Parlament Europejski, Warszawa 2019, ISBN 978-83-942781-3-7.
Syn Władysława i Anny[8]. Był trzykrotnie żonaty. Pierwszą jego żoną była Anna Nasiłowska, pisarka i krytyk literacki, profesor nauk humanistycznych. W połowie lat 80. zawarł drugi związek z Barbarą Engelking, późniejszą dyrektor Centrum Badań nad Zagładą Żydów Instytutu Filozofii i Socjologii Polskiej Akademii Nauk. W 2012 zawarł trzeci związek małżeński z Hanną Jahns, urzędniczką Komisji Europejskiej[2].