6 maja 2013 prezydent Bronisław Komorowski powołał Marka Biernackiego na urząd ministra sprawiedliwości w drugim rządzie Donalda Tuska[12]. Pełniąc tę funkcję, zainicjował kompleksowe zmiany w uchwalonym w drugiej połowie lat 90. kodeksie karnym[13], przedstawił projekt przyjętej następnie ustawy o ochronie i pomocy dla pokrzywdzonego i świadka[14], a także zainicjował wprowadzanie systemu nagrywania rozpraw w sądach rejonowych[15]. Kontrowersje podczas jego urzędowania wzbudziła kwestia tzw. ustawy o bestiach, mającej za celu izolację osób skazanych po odbyciu kary (przygotowanej m.in. na skutek tzw. sprawy Mariusza Trynkiewicza). Część środowisk prawniczych i medycznych zarzucała projektowi, że łamie podstawowe zasady prawa karnego oraz prawa człowieka. Marek Biernacki zadeklarował podanie się do dymisji, gdyby ustawę Trybunał Konstytucyjny uznał za niekonstytucyjną[16]. Ostatecznie TK zakwestionował tylko jeden przepis ustawy, nie podważając istoty całej regulacji[17][18].
Marek Biernacki zakończył pełnienie funkcji ministra 22 września 2014 wraz z dymisją rządu Donalda Tuska. Objął następnie funkcję przewodniczącego sejmowej Komisji do Spraw Służb Specjalnych[1], kierował nią do czerwca 2015[19]. W tym samym miesiącu został powołany przez premier Ewę Kopacz na stanowisko sekretarza stanu w Kancelarii Prezesa Rady Ministrów oraz koordynatora ds. służb specjalnych[20], a następnie przez prezydenta Bronisława Komorowskiego w skład Rady Bezpieczeństwa Narodowego[21]. Jako koordynator służb specjalnych kierował m.in. operacją uwolnienia więzionego na Białorusi polskiego żołnierza, w ramach której w zamian przekazano stronie białoruskiej obywatela tego państwa oskarżonego w Polsce o szpiegostwo[22]. Rozmowy odbyły się na Białorusi, przy czym oficjalnie poinformowano, że wizyta dotyczyła współpracy w obszarze zwalczania nielegalnej imigracji. Na skutek tych rozmów przekazano także stronie polskiej kopię raportu skierowanego do Ławrientija Berii, mówiącego o pięciu lokalizacjach, gdzie mogli być kierowani Polacy wzięci przez Sowietów do niewoli na początku II wojny światowej[23] (dokumentu mogącego przyczynić się do odnalezienia tzw. białoruskiej listy katyńskiej[23]). Zlecił szefowi ABW przegląd i odtajnienie dokumentów z tzw. zbioru zastrzeżonego IPN[24]. Jego urzędowanie przypadło na czas problemów związanych z wysokim zagrożeniem terrorystycznym na świecie oraz kryzysem migracyjnym[25]. Ujawnił, że w Polsce działała komórka wsparcia Państwa Islamskiego[26].
W wyborach w 2015 został ponownie wybrany do Sejmu, otrzymując 42 586 głosów[27]. W Sejmie VIII kadencji został członkiem Komisji Administracji i Spraw Wewnętrznych oraz Komisji do Spraw Służb Specjalnych[28]. Wielokrotnie w wypowiedziach publicznych krytycznie odnosił się do działań Antoniego Macierewicza jako ministra obrony narodowej, m.in. od samego początku oceniając jako nielegalne wejście Bartłomieja Misiewicza do Centrum Eksperckiego Kontrwywiadu NATO[29] oraz stając w obronie zdegradowanej za czasów tego ministra major Służby Kontrwywiadu Wojskowego Magdaleny E. (zaangażowanej w operację uwolnienia polskiego żołnierza więzionego na Białorusi)[30], pisząc w jej sprawie list do prezydentaAndrzeja Dudy[31].
11 stycznia 2018 został wykluczony z Platformy Obywatelskiej za złamanie dyscypliny partyjnej w głosowaniach nad projektami dotyczącymi aborcji[32]. Pozostawał w klubie parlamentarnym PO i PO-KO, jednak 4 lipca 2019 przeszedł do klubu PSL-Koalicja Polska[33].
W wyborach w 2019 z listy PSL z powodzeniem ubiegał się o poselską reelekcję, otrzymując 19 272 głosy[34]. Został tym samym pierwszym posłem wybranym z listy PSL w województwie pomorskim od 2001. W Sejmie IX kadencji został członkiem klubu zorganizowanego wokół Polskiego Stronnictwa Ludowego[35], Komisji Administracji i Spraw Wewnętrznych[36] oraz Komisji do Spraw Służb Specjalnych[37]. W czerwcu 2021 powołał m.in. wraz z Kazimierzem Michałem Ujazdowskim think tank Centrum Dobrego Państwa[38]. W tym samym miesiącu został wiceprzewodniczącym stowarzyszenia „Tak, Polska!”[39].