W marcu 1807 został wiceprezydentem Warszawy, a od 4 lipca 1807 do grudnia 1815 był prezydentem miasta. Ustąpił wskutek zatargu z wielkim księciem Konstantym. W latach 1812–1815 był też komendantem Gwardii Narodowej.
Od 1816 był sędzią apelacyjnym. Od 1817 był prezesem Trybunału Handlowego. W 1829 Stanisław Węgrzecki przeszedł na emeryturę i został wybrany prezesem Komitetu Właścicieli Listów Zastawnych.
Stanisław Węgrzecki zmarł 12 lutego 1845 w Warszawie i został pochowany na cmentarzu Powązkowskim (kwatera 15-1-5)[7]. Na jego grobie został wystawiony pomnik dłuta Jakuba Tatarkiewicza. Nagrobek został odnowiony staraniem Społecznego Komitetu Powązek na początku lat 80. XX wieku.
↑Wolnomularstwo w Europie Środkowo-Wschodniej w XVIII i XIX wieku, Wrocław 1982, s. 218.
↑Korespondent Warszawski Donoszący Wiadomości Krajowe i Zagraniczne 1792, II, Nr 53, Warszawa 1792, s. 465-466.
↑Bartłomiej Szyndler, Powstanie kościuszkowskie 1794, Warszawa 1994, s. 47.
↑Dyayarusz Sejmu z R. 1830-1831, wydał Michał Rostworowski, T. I, Kraków 1907, s. 244.
↑Stanisław Małachowski-Łempicki, Wykaz polskich lóż wolnomularskich oraz ich członków w latach 1738-1821, w: Archiwum Komisji Historycznej, t. XIV, Kraków 1930, s. 137.