Klub powstał we wrześniu 2014 z inicjatywy przedsiębiorstwa Grupo Pachuca na licencji trzecioligowego Águilas Reales de Zacatecas, który przeniósł swoją siedzibę do Tlaxcali i zmienił nazwę na Coyotes de Tlaxcala[1]. Nowa drużyna zastąpiła w mieście trzecioligowy zespół Linces de Tlaxcala, który z kolei sprzedał swoją licencję Internacionalowi Acapulco[1]. Coyotes byli tym samym kolejnym meksykańskim klubem w portfolio Grupo Pachuca, obok pierwszoligowych CF Pachuca i Club León oraz drugoligowego Mineros de Zacatecas, zostając ich drużyną partnerską[2]. Obok Grupo Pachuca współwłaścicielem klubu została lokalna firma Grupo Providencia działająca w branży tekstylnej[2][3]. Projekt był też wspierany przez władze stanu Tlaxcala, które rozpoczęły modernizację Estadio Tlahuicole[3].
Zespół dołączył do rozgrywek trzeciej ligi meksykańskiej i występował w niej w latach 2014–2020, wygrywając je dwukrotnie (Apertura 2016, Clausura 2017)[4]. Nie zaowocowało to jednak awansem do drugiej ligi, gdyż klub nie spełnił wymagań licencyjnych związanych ze stadionem[1][4]. Ostatecznie w 2020 roku, przy okazji generalnej reformy drugiej ligi meksykańskiej, Coyotes zostali zaproszeni do tych rozgrywek[1]. Bezpośrednio po tym Grupo Pachuca sprzedała swoje udziały w klubie przedsiębiorstwu Grupo Providencia, które zostało wyłącznym właścicielem Coyotes[5].
