Na terenach Tuilerii znajdowała się do połowy XVI wieku fabryka dachówek (fr. tuile) – stąd nazwa. W roku 1564 parcelę zakupiła królowa Katarzyna Medycejska, która zleciła budowę nowego pałacu architektom Delorme i Bullantowi. Wznieśli oni centralny pawilon, tzw. Zegarowy (Pavillon d'Horloge), nakryty kopułą, i dwa niższe boczne skrzydła. Królowa Katarzyna, przesądna Włoszka, nigdy nie zamieszkała w pałacu, gdyż kiedyś wywróżono jej, że umrze niedaleko od Saint-Germain, a kościół Saint Germain l’Auxerrois znajduje się w pobliżu Tuilerii.
Za panowania Karola IX połączono Tuilerie i Luwr wielką Galerią Południową idącą nad Sekwaną. Brat i następca Karola IX, Henryk III, nie mieszkał w Tuileriach, ale wydawał w ich ogrodach huczne przyjęcia.
Czasy Burbonów
Henryk IV ostatecznie zbliżył Luwr do Tuilerii poprzez budowę nowej galerii na stronie północnej; do istniejącej już galerii nad Sekwaną dobudowano istniejący do dziś „Pawilon Flory”. Ludwik XIV wzniósł po przeciwnej stronie „Pawilon Marsana”, który także ocalał z pożogi roku 1871, a w środku pałacu polecił skonstruować „La Salle des Machines”, salę teatralną, która potem w XVIII wieku służyła Operze Paryskiej po pożarze jej gmachu, a później do mn. w. 1780 teatrowi narodowemu „Comédie Française”. Pałac służył Ludwikowi XIV jako rezydencja do chwili przeniesienia dworu do Wersalu, potem Ludwikowi XV w czasach jego małoletniości, po czym do czasów Rewolucji sale paradne były zamknięte, a inne pomieszczenia zamieszkiwane przez emerytowanych dworzan.
6 października1789 król Ludwik XVI, zmuszony przez Zgromadzenie Narodowe do opuszczenia Wersalu, zamieszkał wraz z rodziną w Tuileriach i przebywał tam do chwili obalenia monarchii 10 sierpnia 1792. W szturmie pałacu rozwścieczony motłoch paryski wymordował wszystkich żołnierzy królewskich z Gwardii Szwajcarskiej i obrabował pałac biorąc wszystko, co dało się wynieść. Rodzina królewska schroniła się najpierw w sali obrad parlamentu, a potem została uwięziona w dawnej wieży paryskich templariuszy, ponurym więzieniu Temple.
Czasy Rewolucji, Napoleona I i restauracji burbońskiej
Król Ludwik Filip I przeprowadził się – bardzo niechętnie – do Tuilerii dopiero w roku 1831, wolał życie rodzinne w przytulniejszej rezydencji Palais-Royal. Dokonał przebudowy pałacu, wznosząc reprezentacyjną klatkę schodową w centralnej części budowli. Jego następca, cesarz Napoleon III, przeprowadził kompletny remont Tuilerii i uczynił je, obok pałacu Saint-Cloud koło Paryża, rezydencją cesarską. Zaślubił tam Eugenię de Montijo i tam się urodził jego syn Napoleon.
Po klęsce francuskiej pod Sedanem, cesarzowa Eugenia, pamiętna losu Ludwika XVI i jego rodziny, opuściła z paroma zaufanymi pałac wczesnym rankiem 4 września1870 i nigdy tam już nie wróciła, ale przyjeżdżając po latach do Francji jako osoba prywatna zawsze wynajmowała pokoje w hotelu przy Place de la Concorde z widokiem na ogrody Tuilerii.
Komuna Paryska
W okresie Komuny Paryskiej Tuilerie były używane przez komunardów w maju 1871 jako miejsce przedstawień teatralnych i koncertów, gdzie wstęp był darmowy dla wszystkich. Komunardzi mieli przy tym ukryty cel – chcieli pokazać ludowi, w jakim przepychu żyli feudałowie i zdobyć poparcie dla idei zniszczenia pałacu. Około 20 maja bojownicy Komuny zaczęli oblewać sale pałacu naftą i terpentyną, znosić tam baryłki prochu. 23 maja wieczorem podpalono pałac, po którym po parodniowym pożarze zostały gołe mury.
Późniejsze losy
Po upadku Komuny, od roku 1872, dyskutowano gorąco projekt odbudowy pałacu, ale parlament, bojąc się kosztów, po nieskończonych debatach zdecydował w roku 1879 rozebrać ruiny, czego dokonano rok później.
W roku 1989 w ogrodach Tuileries Nicolas Normier i Jean-Marie Hennin zbudowali postmodernistyczną Wieżę Wolności inspirowaną mewą i aeroplanem z okazji 200. rocznicy wybuchu rewolucji francuskiej. Budowla ze stali i szkła została przeniesiona po roku do Saint-Dié[1].
W roku 2003 stworzono Narodowy Komitet Odbudowy Tuilerii. Koszt obliczono na 300 milionów €, środki na rekonstrukcję mają być zdobyte poprzez składki i darowizny, bez udziału państwa francuskiego czy miasta Paryża. Ponieważ cesarzowa Eugenia uratowała w 1870 roku wszystkie cenniejsze meble i obrazy z wnętrz Tuilerii, bojąc się spodziewanego oblężenia Paryża przez wojska niemieckie i przenosząc zbiory w bezpieczne miejsca, odbudowane Tuilerie stałyby się cennym uzupełnieniem muzeum w Luwrze, któremu brakuje lokali na ekspozycję zbiorów.