menjadikan program studi pendidikan agama kristen sebagai lembaga yang berkualitas dalam menghasilkan lulusan yang mampu berkarya di tingkat nasional dan internasional.

misi pendidikan agama kristen sekolah tinggi teologi khatulistiwa dalam kurun waktu 2015 - 2020 adalah:

1.   menyelenggarakan pendidikan agama kristen yang  berbasis penjaminan mutu berdasarkan prinsip-prinsip alkitab.

2.   melakukan penelitian mengenai kehidupan jemaat kristiani sebagai sumbangsih bagi ilmu pak, jemaat kristiani dan pemerintah. melakukan pengabdian kepada masyarakat dengan memanfaatkan kompetensi spiritualitas, keilmuan dan teknologi yang dimiliki oleh lulusan.

kegiatan pendidikan di program pendidikan agama kristen pada sekolah tinggi teologi khatulistiwa bertujuan untuk menghasilkan lulusan yang memiliki:

1.   kemampuan penguasaan ilmu pengetahuan dan keterampilan di bidang pendidikan agama kristen. 2.   kemampuan memahami, menganalisis dan menyediakan  alternatif pemecahan masalah kerohanian dan sosial berdasarkan alkitab.

3.   kemampuan bersikap dan berprilaku dalam menempatkan diri dan berkarya untuk kepentingan umum sesuai dengan kompetensinya. kemampuan menyesuaikan diri dengan perkembangan ilmu dan teknologi.