bertitik tolak dari misi program pascasarjana maka diturunkan misi program studi magister pendidikan matematika. misi program studi ini dikembangkan sebagai bentuk dukungan terhadap visi universitas sebagaimana tersebut di atas yakni menjadi pusat unggulan pendidikan matematika pada tingkat nasional pada tahun 2025. dalam hal ini program studi magister pendidikan matematika mengembangkan misi yaitu:

1. menyelanggrakan pendidikan yang menghasilkan tenaga profesional berkecedasan intelektual, emosional dan spritual yang sesuai dengan kebutuhan tenaga pendidik bertaraf nasional.

2. menemukan, mengembangkan dan menyebar- luaskan khasanah pendidikan matematika yang dapat memberikan kontribusi positif bagi peningkatkan kualitas pendidikan.

3. menyediakan jasa layanan profesi kependidkan matematika.

4. memfasilitas budaya meneliti dalam bidang pendidikan matematika dan pelayanan pada masyarakat