Em 1649 foi ordenado por D. João IV a regressar à sua terra natal, voltando então a Carnide. Era conhecida a predileção do rei pela sua música,[2] facto que não impediu, contudo, que tivesse um triste fim. A 12 de março de 1659 foi preso, acusado de injuriar contra o Prior do Convento de Cristo. Foi submetido a um interrogatório onde forneceu alguns dados sobre a sua biografia que chegaram à atualidade num processo preservado no Arquivo Nacional da Torre do Tombo. O Tribunal da Inquisição considerou-o culpado e foi condenado a 10 anos de pena de prisão, jejum a pão e água, perda de estatuto e pagamento das custas judiciais. Teve ainda que fazer parte da procissão do auto de fé em 26 de outubro do mesmo ano como arrependido (carregando uma vela acesa na mão).[1]
Mal chegou a cumprir a pena a que foi condenado uma vez que, encarcerado e desumanamente tratado, morreu pouco tempo depois, em 26 de abril de 1660 no Convento de Cristo de Tomar. Foi enterrado em vala comum sem qualquer rito funerário.[1]
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