Além da sua vida profissional, Isabel Mota integrou os dois governos de maioria absoluta de Aníbal Cavaco Silva — o XI e XII governos constitucionais — como Secretária de Estado do Planeamento e do Desenvolvimento Regional, asssumindo responsabilidades nas negociações com a União Europeia dos fundos estruturais e de coesão para Portugal, entre 1987 e 1995.
Em 1996 foi dirigir o Serviço de Orçamento, Planeamento e Controlo da Fundação Calouste Gulbenkian, passando a administradora desta instituição, em 1999.
Fez parte do conselho geral da Telecel/Vodafone (2001-2003), da Comissão Estratégica dos Oceanos (2003-2004) e coordenou a elaboração da Estratégia Nacional para o Desenvolvimento Sustentável (2004). Foi conselheira do Conselho Económico e Social de Portugal (até 2016).
É Membro não executivo do Conselho de Administração do Banco Santander-Totta desde julho de 2015.
A 7 de dezembro de 2016, foi eleita por unanimidade pelo Conselho de Administração Plenário da Fundação Calouste Gulbenkian para sua Presidente. Tomou posse em 3 de Maio de 2017, data em que terminou o mandato de Artur Santos Silva, tornando-se na primeira mulher a exercer este cargo na fundação. Cessou funções a 3 de maio de 2022, tendo sido sucedida por António M. Feijó.[3][4]
Coordenou a Estratégia Nacional para o Desenvolvimento Sustentável, em 2004.
Reconhecimento
Recebeu o Prémio Dona Antónia Ferreira para Mulher Empresária. [5]