Во время своего кругосветного плавания в 1852—54 годах на остров Ява заходил русский парусный фрегат «Паллада». Находившийся на фрегате писатель И. А. Гончаров, назвал эти места «самым роскошным уголком мира».
В 1869 году остров Ява посетил русский путешественник В. Татаринов, впоследствии описавший своё путешествие в «Морском сборнике»[1].
В 1873—1904 годах султанат Аче неоднократно обращался с просьбой принять его в русское подданство[5].
В конце XIX века русское правительство активизировало свою внешнюю политику в тихоокеанском регионе. Русские суда по пути из Петербурга на дальний Восток стали заходить в порты Суматры и Явы. В 1885 году было учреждено нештатное вице-консульство России в Батавии, а в 1893 году по предложению морского министерства оно было преобразовано в штатное консульство. В то же время, по прежнему, торговля между Россией и Батавией осуществлялась через Голландию, Германию и Англию. Россия в основном экспортировала керосин, который, однако, активно вытеснялся с батавского рынка американскими конкурентами, а импортировала через третьи страны кофе, индиго, пряности, олово, чай, копру, общим объёмом на сумму 15 миллионов рублей ежегодно[1].
В это же время русские специалисты приняли участие в развитии нефтяной отрасли Батавии. Так, в 1894 году в районе Бабат недалеко от Палембанга русским инженером Ф. Ф. Кляйе была открыта нефть. В 1897 году русский инженер из Баку А. В. Рагозин получил подряд на строительство нефтеперерабатывающего завода в местечке Муара Эним (Южная Суматра) по проекту А. В. Адиясевича. В городе Баликпапан директором нефтеперегонного завода был русский подданный Г. Д. Гурген[1].
Первым и последним штатным консулом России в Батавии в течение пяти лет (1895—1899 гг.) был Модест Модестович Бакунин[6]. Он не раз выходил с инициативой об установлении прямых торговых связей между Россией и Батавией, предлагая комитету Добровольного флота открыть регулярную пароходную линию между Одессой и Владивостоком с заходом в один из индонезийских портов. Кроме того, он выступал за внедрение в российских субтропиках ряда местных культур. Однако его предложения не были услышаны, о чём он сообщил в свой книге в 1902 году: «Русских интересов и русской торговли в этом отдаленном уголку крайнего Востока не существует…»[1].
В 1899 году русское штатное консульство было преобразовано во внештатное, а в 1913 году ликвидировано.
В 1912 году лётчик А. А. Кузминский совершил на Яве и Суматре показательные полёты.
С началом Первой мировой войны российско-индонезийские отношения были прерваны. Восстановились они лишь после Второй мировой войны, когда в 1950 году были установлены дипломатические отношения между странами.
В 1989 году президент Сухарто посетил с официальным визитом СССР. В 2000 г. широко отмечалось 50-летие установления дипотношений между двумя странами[7].
13 марта 2018 года министр иностранных дел Индонезии Ретно Марсуди посетила Москву и провела переговоры с министром иностранных дел России Сергеем Лавровым, по завершении которых было заявлено, что «российско-индонезийские отношения достигли уровня стратегического партнерства»[8].
13 Октября 2024 года новоизбранный президент Индонезии Джоко Видодо заявил о намерении ежегодно отправлять по стипендиям в Россию 20 тысяч индонезийских студентов.[9]
↑Виктор Погадаев. «Женский импульс давним связям. Интервью с поверенным в делах Индонезии в России Хендрати С. Мунте». — «Вечерняя Москва», 20 января 2000
↑Лавров: отношения Москвы и Джакарты вышли на уровень стратегического партнерства [1]Архивная копия от 15 марта 2018 на Wayback Machine