Prvobitno je pripadao istočnoj Pajoniji (grč.Peonja), a po dolasku Rimljana 168. godine pne. zapadno makedonskoj oblasti, da bi u 4. veku pripao Makedoniji Salutaris (lat. Provincia Macedoniae, grč.Eparhia Makedonjas).
Krajem 5. ili početkom 6. veka postaje sedište provincije lat. Macedonia Secunda.
518. godine prema Prokopiju Stobi je stradao od jakog zemljotresa.
Nepokretni materijal
Na lokalitetu su otkriveni ostaci zgrada koje datuju period od 4. do 6. veka (osim pozorišta). Ovaj period karakteriše korišćenje građevinskog i dekorativnog materijala iz predhodnih perioda.