Študiral je v Ljubljani, Splitu in Montrealu, vrsto let je delal v gospodarstvu (Splošna plovba, Kompas, Pozavarovalnica Sava in Jedrski pool GIZ), potem pa se je zaposlil na Univerzi v Ljubljani, kjer je bil vrsto let (in je zopet) predstojnik katedre za pomorsko in prometno pravo na Fakulteti za pomorstvo in promet in tudi prodekan, dokler ni bil leta 2004 izvoljen v slovensko vlado kot minister za promet, kasneje pa kot poslanec in podpredsednik državnega zbora. Pavliha se je po končanem poslanskem mandatu vrmil v akademski svet, kjer predava na fakulteti za pomorstvo in promet, pravni fakulteti in ekonomski fakulteti ljubljanske univerze ter na Inštitutu za mednarodno pomorsko pravo na Malti, gostoval pa je tudi na prestižnih univerzah v Belgiji, Avstraliji in na Malti. Prof. Pavliha je član številnih domačih in mednarodnih organov ter strokovnih združenj, je eden od ustanovitvenih članov in predsednik Društva za pomorsko pravo Slovenije, v obdobju 2003-2004 je bil generalni sekretar Mednarodnega pomorskega odbora (CMI), je avtor in soavtor 20 knjig in več kot 500 člankov, za svoje delo pa je prejel vrsto priznanj, med katerimi je še posebej pomembna nagrada “Pravnik leta 2001”, ki mu jo je podelila Zveza društev pravnikov Slovenije, šestkrat pa je bil v okviru akcije Ius Software izbran med deset najvplivnejših slovenskih pravnikov.[3][4]
Leta 2021 je prejel zlato plaketo Univerze v Ljubljani.
Marca 2007 je skupaj s še tremi člani (Anton Rop, Lavtižar Bebler in Milan M. Cvikl) izstopil iz LDS in prestopil v poslansko skupino Socialnih demokratov;[5] z njihovim pristopom je poslanska skupina SD postala največja opozicijska stranka.[6] V mandatu 2004–2008 je bil med drugim podpredsednik Državnega zbora Republike Slovenije, predsednik dveh skupin prijateljstva (s Kanado in Malto), vodja slovenske delegacije v Evro-sredozemski parlamenarni skupščini in član naslednjih delovnih teles: