Kljub švicarskinevtralnosti je bilo na Schaffhausen med drugo svetovno vojno izvedeno 1. aprila 1944 dnevno bombardiranje s strani Vojnega letalstva ZDA (USAAF). Približno 50 bombnikov B-24 Liberator je namreč napačno identificiralo Schaffhausen kot svojo tarčo Ludwigshafen am Rhein blizu Mannheima v Nemčiji (približno 235 km severno od Schaffhausna) in na mesto odvrglo šestdeset ton bomb. Čeprav se je v Schaffhausnu oglasil alarm za zračni napad, so se v mestu pred tem sirene za zračni napad tolikokrat oglasile brez kakršnega koli napada, da alarm ni imel svojega učinka in se mnogi domačini niso uspeli pravočasno umakniti v zaklonišča. Med bombardiranjem je umrlo skupaj 40 ljudi in okoli 270 jih je bilo ranjenih, velik del mesta pa je bil uničen.[3]
Schaffhausen je postaja Züriške lokalne železnice (S-Bahn) na liniji S16. Izpred zgradbe je postaja mestnega potniškega prometa.
V zadnjih letih mestne trolejbuse postopoma zamenjujejo z električnimi avtobusi španskega proizvajalca Irizcar, ki se polnijo na vstopnih oz. izstopnih postajah.[4]