Балтійські країни провели перші спільні навчання "Amber Sea 95", після яких 12 жовтня 1996 міністри оборони трьох країн обговорили створення спільної ескадри для тралення мін. 16 квітня 1998 у Ризі уряди домовились про створення ескадри 28 серпня 1998 з штаб-квартирою у Таллінні.
12 червня 1998 у БрюселіШвеція, країни-члени НАТОБельгія, Данія, Німеччина, Велика Британія, Нідерланди, Норвегія та Фінляндія, Польща (члени НАТО з 1999) заявили про підтримку місії по знешкодженню мін. Загальну координацію створення ескадри взяла на себе Німеччина, яка у жовтні 2000 надала мінні тральщики класу "Lindau", названі у ВМС Естонії "Sulev" і "Wambola", ВМС Латвії M-03 "Namejs", ВМС Литви M52 "Sūduvis", M51 "Kuršis". Данія надала ВМС Естонії корабель штабний і забезпечення "Admiral Pitka" класу "Hvidbjørnen". З вересня 2001 центром підготовки водолазів стала Лієпая у Латвії.
Місія
Кораблі Балтійської Військово-морської Ескадри (БАЛТРОН) проводять щонайменше 6 місяців у походах та управляються з об'єднаного штабу у Таллінні. Метою ескадри є поліпшення координації флотів балтійських держав і з ВМС країн НАТО після входження до його складу 2004 року. Кожна з держав може використовувати ескадру для двох місій щорічно. Мова спілкування кораблів ескадри англійська. Ескадра співпрацює з тральщиками ВМС НАТО, бере участь у міжнародних навчаннях «Open Spirit».