Джонатан Брендіс народився 13 квітня 1976 року в місті Данбері (Коннектикут) в сім'ї Мері, вчительки і персонального менеджера, і Грегорі Брендіса — пожежного і продавця продовольчих товарів[5].
Акторську кар'єру Джонатан почав у шість років, знявшись як модель у декількох телевізійних рекламних роликах і в комерційній радіопередачі, а потім отримавши першу роль молодого Кевіна Райлі Б'юкенена в телевізійній мильній опері «Життя одне»[6][7][8].
Коли Джонатану виповнилося дев'ять років, його сім'я переїхала до Лос-Анджелеса для подальшого просування акторської кар'єри хлопчика. Протягом короткого часу Джонатан знявся в епізодичних ролях телевізійних постановок «Хто тут бос?», «Повний будинок», «Кейт і Еллі» і в телесеріалі «Закон Лос-Анджелеса»[8].
У 1990 році Джонатан отримує свою першу головну роль у фільмі «Нескінченна історія 2», граючи в ньому юного Бастіана Бакс, що вирушає в чарівний світ Фантазії на допомогу жителям казкового королівства. Кілька років потому Джонатан знімається в ролі «Заїки Білла» Денбро у фільмі «Воно» — екранізації однойменного епічного роману жахів Стівена Кінга. 1992 року Джонатан Брендіс знявся в головній ролі фільму «Бічні удари» спільно з Чаком Норрісом, і в тому ж році — у фільмі «Сонечка» спільно з комедійним актором Родні Денжерфілдом.
Крім своєї акторської роботи Брендіс займався написанням сценаріїв до фільмів і пробував себе на режисерській поприщі[7]. Кар'єра сценариста приваблювала його більше, ніж все інше, особливо в останні роки його життя. Незадовго до смерті Джонатан Брендіс поставив короткометражний фільм «The Slainesville Boys»[10][11].
Джонатан Брендіс помер 12 листопада 2003 року в Медичному центрі Лос-Анджелеса «Сідар-Синай» після розпочатої спроби самогубства[15]. Попри відсутність передсмертної записки, його найближчі друзі стверджували, що в кінці свого життя Джонатан перебував у стані глибокої депресії, постійно пив і цілком міг побажати залишити цей світ[16]. 11 листопада 2003 Джонатан Брендіс повісився у власній квартирі. Друг Брендіса викликав поліцію і медиків, проте врятувати життя лікарі клініки Лос-Анджелеса вже не змогли. Після кремуваня його прах був відданий сім'ї.
Джонатан Брендіс рано пішов з життя, проте встиг залишити після себе відмінні творчі роботи і армію шанувальників його творчості в усьому світі.
