30 січня 2012 року рішенням Центральної Ради ПФЛ команда «Чорноморець-2» знята зі змагань у зв'язку виходом ФК «Чорноморець» Одеса з ПФЛ.[20]
4 квітня 2012 року рішенням Центральної Ради ПФЛ команда «СКАД-Ялпуг» виключена зі змагань у зв'язку з відсутністю фінансування. У решті матчів команді зараховані технічні поразки −:+, а її суперникам — перемоги +:−.[21]
31 травня 2012 року рішенням ДК ПФЛ команда «Дніпро-2» виключена зі змагань за дві неявки на ігри без поважних причин.[22]
Відповідно до п.6 ст. 12 регламенту змагань для визначення чемпіона України серед команд клубів другої ліги проводиться
додатковий матч на нейтральному полі між командами, що посіли перші місця у групах «А» і «Б» другої ліги.
28 травня Адміністрація ПФЛ ухвалила рішення, що матч відбудеться у Хмельницькому, господарем поля було визначено ФК «Суми»[31], однак 29 травня це рішення було скасовано, місцем проведення було визначено Полтаву, а господарем поля — ФК «Полтава»[32].
У сезоні 2011/2012 років за регламентом (ст. 13) переможці груп другої ліги виходять до першої ліги напряму, дві останні команди першої ліги опускаються до другої напряму, а 16-а команда першої ліги і дві команди, що посіли другі місця у групах другої ліги, беруть участь у стиковому турнірі, переможець якого отримує місце в першій лізі наступного сезону.
Турнір складається з двох матчів. У першому матчі беруть участь команди, що посіли другі місця в групах другої ліги. У другому матчі переможець першого матчу грає з шістнадцятою командою першої ліги. Переможець другого матчу отримує місце в першій лізі. Обидва матчі проходять на нейтральному полі.
Команда-переможець першого стикового матчу визнається бронзовим призером чемпіонату серед команд другої ліги.
↑Згідно з рішенням КДК ФФУ від 8 вересня 2011 року і АК ФФУ від 14 листопада 2011 року [Архівовано 24 травня 2012 у Wayback Machine.] за неналежну підготовку поля до проведення матчу та неналежну організацію матчу клубом, що призвело до відміни матчу, команді «Нива» зарахована технічна поразка з рахунком 0:3, а команді ФК «Суми» — перемога з рахунком 3:0.